EMBL co-desenvolupa un nou mètode que podria facilitar el diagnòstic de càncer

Aquest article també està disponible en alemany, castellà i francès.

EMBL co-desenvolupa un nou mètode que podria facilitar el diagnòstic de càncer

Artistes de representació d’una cadena d’ADN que surt d’un nucli cel·lular. Crèdit: Tobias Wüstefeld / EMBL

Els investigadors liderats per EMBL i el Centre de Bioinformàtica de Sarreland a Saarbrücken han desenvolupat un mètode més barat i més ràpid per comprovar la genètica Diferències en cèl·lules individuals, que superen les tècniques existents respecte a la informació rebuda. Aquest nou mètode podria convertir-se en un nou estàndard en investigació única cel·lular, i potencialment per al diagnòstic clínic en la genètica de la malaltia, inclòs el càncer. Els resultats s’han publicat a Nature Biotechnology.

“El nostre nou mètode per estudiar variacions genètiques en les cèl·lules individuals podria transformar el camp de la detecció de mutació”, destaca Ashley Sanders, un dels autors principals de l’estudi, treballant A EMBL Heidelberg. El mètode que i els seus col·legues es van desenvolupar – anomenat Sctrip (processament de cel·les únics Tri-canal) – els permet estudiar variacions genètiques dins de l’ADN d’una sola cèl·lula i mesurar les variacions genètiques directament a mesura que es formen en noves cèl·lules. Per contra Als mètodes existents que van ser capaços de detectar només canvis a gran escala en el genoma, l’escurçament pot detectar canvis a petita escala, juntament amb molts tipus de variacions genètiques que eren invisibles utilitzant altres mètodes únics cel·lulars.

Els investigadors Va provar el seu mètode en l’estudi de les cèl·lules de leucèmia derivades del pacient. En la seva mostra, l’equip va trobar quatre vegades més variants en el pacient del que es van detectar per diagnòstics clínics estàndard. Aquests van incloure un error clínicament perdut. ranslocació que va impulsar la sobreexpressió d’un gen que causa càncer. També van observar una reordenació de cromosoma catastròfic que es va perdre en el diagnòstic inicial de la leucèmia. Probablement es va produir quan un sol cromosoma es va trencar i es va tornar a enganxar en un ordre reordenat.

“Aquests primers resultats mostren que el nostre mètode és superar significativament els existents. El nostre mètode és molt més ràpid i més barat que els mètodes actualment En ús per descobrir variants genètiques en cèl·lules individuals. Pot ser que sigui molt útil per a aplicacions clíniques “, resumeix Tobias Marschall, des del Centre de Bioinformàtica de la Universitat de Sarre i l’Institut Max Planck per a la informàtica. L’equip ha començat a ampliar el seu ús Mètode per analitzar diferents formes de leucèmia i avaluar la seva potencial utilitat clínica.

A mesura que l’heterogeneïtat d’una mostra es pot estudiar millor a nivell d’un sol cel·lular, investigadors de tot el món, incloent diversos grups a EMBL – estan treballant en el desenvolupament de tecnologies per millorar la informació rebuda. “Mentre que les tècniques existents mostren com les diferents cèl·lules poden comportar-se o respondre a la manipulació o tractament, investigació i AP la plicació s’ha centrat fins al moment de mesurar l’ARN dins d’una cel·la. No obstant això, mesurar l’ADN en una sola cel·la ha rebut fins ara molt menys atenció “, explica Tobias Marschall. Com s’espera que mirar l’ADN proporcionarà un nou nivell de comprensió en com aquests canvis genètics condueixen diferents comportaments cel·lulars, el nou mètode aborda les necessitats dels investigadors i metges.

Sctrip es basa en Una tecnologia Ashley Sanders co-desenvolupada durant el seu doctorat a Vancouver. “Sctrip combina senyals de tres diferents canals d’informació des del codi genòmic de la cèl·lula individual”, explica Jan Korbel, líder del grup a EMBL Heidelberg “. En fer-ho, el nostre mètode ens permet descobrir l’espectre complet de reordenacions d’ADN en cèl·lules individuals . “

Ara, utilitzant Sctrip, els investigadors continuen la seva investigació sobre una pregunta molt bàsica: quant es diferencien una cel·la del cos de qualsevol altra cèl·lula, en el context del càncer, així com en normal cèl · lules? Fins ara, no van poder abordar aquesta pregunta perquè no tenien la tecnologia per fer-ho. “Utilitzar l’escurçament, ara podem mesurar directament els processos mutacionals que actuen a les cèl·lules per generar noves poblacions genèticament diferents”, diu Ashley Sanders. Per als propers passos de la seva investigació, l’equip planeja estudiar els processos mutacionals en diferents tipus de cèl·lules humanes i Avaluar les conseqüències Aquestes diferències tenen en termes de malalties humanes.

embl desenvolupa un nou mètode que podria facilitar el diagnòstic de càncer – més ràpid, rendible i detallat

Investigadors sota la direcció del Laboratori Europeu de Biologia Molecular (EMBL) a Heidelberg i El Centre de Bioinformàtica de la Universitat de Sarre a Saarbrücken, Alemanya, ha desenvolupat un mètode més eficaç i més ràpid per comprovar si hi ha diferències genètiques en les cèl·lules individuals que superin les tècniques existents relacionades amb la informació obtinguda. Aquest nou mètode podria convertir-se en un nou estàndard en la investigació cel·lular individual i, possiblement, per al diagnòstic clínic en la genètica de la malaltia, inclòs el càncer. Els resultats es van publicar a Nature Biotechnology.

“El nostre nou mètode d’investigació de variacions genètiques en les cèl·lules individuals podria canviar el camp de la prova de mutació”, posa l’accent en Ashley Sanders, un dels principals autors de l’estudi que treballa L’EMBL Heidelberg. Amb el mètode – Sctrip (Processament de Cell Tri-canal) desenvolupat per ell i els seus col·legues – es poden examinar les variacions genètiques en l’ADN d’una sola cèl·lula i mesurar-les directament en l’educació en noves cèl·lules. En contrast amb el Mètodes anteriors que només es podrien reconèixer grans canvis en el genoma, l’escurçament pot reconèixer petits canvis i molts tipus de variacions genètiques que no són visibles per a altres mètodes cel·lulars.

Els investigadors van provar el seu mètode en l’estudi de la leucèmia Cèl·lules que provenen de pacients. En les seves mostres, l’equip va trobar quatre vegades més variants en el pacient que en el diagnòstic estàndard clínic NAC es van insinuar. Això va incloure la manca de translocació clínicament rellevant, que va causar sobreexpressió d’un gen carcinogènic. Van continuar observant l’emmagatzematge de cromosomes catastròfics, que es va passar per alt al primer diagnòstic de Leucaria. Això probablement va passar com un sol cromosoma trencat i després enganxat en ordre invers.

“Aquests primers resultats mostren que el nostre mètode supera la importància existent. El nostre mètode és molt més ràpid i rendible que els mètodes actualment S’utilitza per descobrir variants genètiques en cèl·lules individuals. Això podria ser molt útil per a aplicacions clíniques, “Tobias Marshal resumeix el Centre de Bioinformàtica de la Universitat de Saarland i l’Institut Max Planck per a la informàtica. L’equip ha començat a utilitzar el mètode d’anàlisi de diverses formes de leucèmia per ampliar i avaluar el potencial benefici clínic.

Atès que l’heterogeneïtat d’una mostra es pot investigar millor en un sol nivell de cèl·lules, investigadors de tot el món, incloent diversos grups a l’EMBL: teniu en el desenvolupament de tecnologies per millorar la informació rebuda. “Mentre Les tècniques mostren com les diferents cèl·lules poden comportar-se o respondre a la manipulació o tractament, la investigació i l’aplicació s’han centrat fins ara en la mesura de l’ARN en una cel·la. No obstant això, la mesura de l’ADN en una sola cel·la ha trobat anteriorment menys atenció “, explica Tobias Marshal. Atès que s’espera que la visió de l’ADN proporcionarà una nova comprensió de com aquests canvis genètics afecten el comportament de les cèl·lules, el nou mètode se centra en les necessitats dels investigadors i metges.

Sctrip basat en un La tecnologia Ashley Sanders ha desenvolupat durant la seva promoció a Vancouver. “Sctrip combina senyals de tres canals d’informació diferents dins del codi genòmic de les cèl·lules individuals”, explica Jan Korbel, gestor de grups a l’EMBL Heidelberg. “D’aquesta manera, podem utilitzar el nostre mètode per revelar tot l’espectre de reordenació de l’ADN en individus Cèl·lules. “

Amb escurçament, els investigadors continuen la investigació a una pregunta molt bàsica: fins a quin punt es diferencia del cos del cos de qualsevol altra cel·la, tant en relació amb càncer i cèl·lules normals? Fins ara, no podien respondre a aquesta pregunta perquè no tenien la tecnologia. “Amb Sctrip, ara podem mesurar directament els processos de mutació que s’executen a les cèl·lules per produir noves poblacions genèticament diferents”, diu Ashley Sanders. Per als propers passos d’investigació, l’equip té previst investigar els processos de mutació en diversos tipus de cèl·lules humanes i avaluar els efectes que tenir aquestes diferències sobre les malalties dels humans.

EMBL desenvolupa un nou mètode que podria facilitar el diagnòstic de càncer – de forma més ràpida, econòmica i detallada

Els investigadors de l’Laboratori Europeu de Biologia Molecular (EMBL) a Heidelberg i el centre de Bioinformàtica de la Universitat de Saarland a Saarbrücken, Alemanya, han desenvolupat un mètode més barat i ràpid per verificar les diferències genètiques en cèl·lules individuals, que és molt més efectiu en el tractament de la informació rebuda que les tècniques existents. Aquest nou mètode podria convertir-se en un nou referent de la investigació unicel·lular, especialment pel que fa a el diagnòstic clínic en genètica de malalties, inclòs el càncer. Els resultats han estat publicats a Nature Biotechnology.

“El nostre nou mètode per estudiar les variacions genètiques en cèl·lules individuals podria transformar el camp de la detecció de mutacions”, destaca Ashley Sanders, una de les autores principals de l’estudi i treballadora de l’EMBL Heidelberg, Alemanya. Ella i els seus companys van desenvolupar un mètode anomenat scTRIP (processament d’una sola cèl·lula en tres canals), que els permet estudiar les variacions genètiques en l’ADN d’una sola cèl·lula i mesurar directament les variacions genètiques a mesura que es formen en noves cèl·lules. A diferència dels mètodes existents que només són capaços de detectar canvis a gran escala en el genoma, scTRIP pot detectar canvis a petita escala, a més de diversos tipus de variacions genètiques que eren impossibles de detectar utilitzant altres mètodes unicel·lulars.

Els investigadors van provar el seu mètode per estudiar les cèl·lules de pacients amb leucèmia. En la seva mostra, l’equip va trobar quatre vegades més variants en el pacient que les detectades pels diagnòstics clínics estàndard. Aquestes van evidenciar l’existència d’una translocació clínicament rellevant que va passar desapercebuda i que va portar a la sobreexpressió d’un gen causant de càncer. També van observar un reordenament catastròfic dels cromosomes, que no es va detectar en el diagnòstic inicial de leucèmia, i que probablement es va deure a la ruptura d’un sol cromosoma, que a l’adherir-se de nou, ho va fer en un nou ordre.

“Aquests primers resultats mostren que el nostre mètode està superant significativament als existents. El nostre mètode és molt més ràpid i barat que els mètodes que s’utilitzen en l’actualitat per descobrir variants genètiques en cèl·lules individuals. Això podria ser molt útil per a aplicacions clíniques “, afirma Tobias Marschall, de el Centre de Bioinformàtica a la Universitat de Saarland i de l’Institut Max Planck d’Informàtica. L’equip ha començat a ampliar l’ús de l’mètode per analitzar diferents formes de leucèmia i avaluar el seu potencial d’utilitat clínica.

Com l’heterogeneïtat d’una mostra pot estudiar millor a nivell unicel·lular, investigadors de tot el món, incloent diversos grups a l’EMBL, estan treballant en el desenvolupament de tecnologies per millorar la informació rebuda. “Mentre que les tècniques existents mostren com les diferents cèl·lules poden comportar-se o respondre a la manipulació o a el tractament, fins ara, tant la recerca com l’aplicació s’han centrat en el mesurament de l’ARN d’una cèl·lula. No obstant això, el mesurament de l’ADN en una sola cèl·lula ha rebut molta menys atenció “, explica Tobias Marschall. Com s’espera que l’observació de l’ADN proporcioni un nou nivell de comprensió de com aquests canvis genètics originen diferents comportaments cel·lulars, el nou mètode aborda les necessitats tant dels investigadors com dels metges.

scTRIP està basat en una tecnologia que Ashley Sanders va desenvolupar durant el seu doctorat a Vancouver. “ScTRIP combina senyals de tres canals d’informació diferents dins el codi genòmic de la cèl·lula individual”, explica Jan Korbel, líder de el grup EMBL Heidelberg. “A el fer-ho, el nostre mètode ens permet descobrir l’espectre complet de reordenaments d’ADN en cèl·lules individuals.”

Ara, mitjançant scTRIP, els investigadors continuen la seva investigació preguntant el següent: en situacions amb pacients amb càncer i pacients sans, què és el que diferencia unes cèl·lules d’altres? Fins ara, no podien respondre a aquesta pregunta perquè no tenien la tecnologia per fer-ho. “Mitjançant scTRIP ara podem mesurar directament els processos mutacionals que actuen en les cèl·lules per generar noves poblacions genèticament diferents”, diu Ashley Sanders. En les pròximes etapes en la seva investigació, l’equip planeja estudiar processos mutacionals en diferents tipus de cèl·lules humanes i avaluar les conseqüències que aquestes diferències tenen en termes de malalties humanes.

L’EMBL co-desenvolupa un nou mètode que podria facilitar el diagnòstic del càncer – més ràpid, menys costós i més detallat

Investigadors del Laboratori de Biologia Molecular Europea (EMBL) de Heidelberg i El Centre Bioinformàtic de la Universitat de Sarre a Saarbrücken, Alemanya, ha desenvolupat un mètode menys costós i més ràpid per verificar les diferències genètiques en les cèl·lules individuals, que supera les tècniques existents en termes d’informació rebuda. Aquest nou mètode podria convertir-se en un nou estàndard en investigació cel·lular única i, possiblement, per al diagnòstic clínic en la genètica de malalties, inclòs el càncer. Els resultats s’han publicat a la natura biotecnològica.

“El nostre nou mètode d’estudi de les variacions genètiques en les cèl·lules individuals podria transformar el camp de la detecció de mutacions”, diu Ashley Sanders, un dels principals autors de l’estudi, treballant A l’EMBL de Heidelberg, Alemanya. El mètode i els seus col·legues han desenvolupat, anomenat SCHRIP (tractament tri-canal de cèl·lules), els permet estudiar variacions genètiques en l’ADN de cèl·lules individuals i mesurar directament les variacions genètiques quan “es formen a les cèl·lules noves. A diferència dels mètodes existents que no detecten només canvis a gran escala en el genoma, l’escurçament pot detectar canvis a petita escala, així com molts tipus de variacions genètiques que eren invisibles utilitzant altres mètodes cel·lulars únics.

Investigadors provats el seu mètode estudiant cèl·lules leucèmiques derivades de pacients. En la seva mostra, l’equip va trobar quatre vegades més variants en el pacient que el que havia estat detectat per diagnòstics clínics estàndard. Això inclou una translocació clínicament rellevant perduda que va resultar en la sobreexpressió d’un gen carcinogènic. També van observar una reordenació cromosòmica catastròfica que no s’havia detectat durant el diagnòstic inicial de la leucèmia. Això probablement ha passat quan un cromosoma es va trencar i es va enganxar en un nou ordre.

“Aquests primers resultats mostren que el nostre mètode supera en gran mesura els mètodes existents. El nostre mètode és molt més ràpid i menys costós que els mètodes Actualment s’utilitza per detectar variants genètiques en cèl·lules individuals. Això podria ser molt útil per a aplicacions clíniques “, resumeix Tobias Marschall, la Universitat de la Universitat de Saar i l’Institut Max Planck Computer. L’equip ha començat a ampliar el seu ús del mètode per analitzar diferents formes de leucèmia i avaluar la seva potencial utilitat clínica.

Com l’heterogeneïtat d’una mostra es pot estudiar en el millor moment al nivell d’una única cel·la, Investigadors de tot el món – incloent diversos grups a l’EMBL – treballar en el desenvolupament de tecnologies per millorar la informació rebuda. “Mentre que les tècniques existents mostren com les diferents cèl·lules poden comportar-se o reaccionar a la manipulació o al tractament, la cerca i l’aplicació s’han centrat fins ara en la mesura de l’ARN en una cel·la. No obstant això, l’ADN de mesura en una sola cèl·lula ha rebut fins ara molt menys atenció “, explica Tobias Marschall. A mesura que s’espera que la revisió de l’ADN, entengui millor com aquests canvis genètics condueixen a diferents comportaments cel·lulars, el nou mètode compleix les necessitats dels investigadors i metges.

L’escurçament es basa en una tecnologia que Ashley Sanders co-desenvolupat durant el seu doctorat a Vancouver. “L’escurçament combina senyals de tres canals d’informació diferents del codi genòmic de la cèl·lula individual”, diu Jan Korbel, líder del grup a l’EMBL de Heidelberg. “Així, el nostre mètode ens permet detectar l’espectre complet de reordenaments d’ADN a les cèl·lules individuals.”

Avui, utilitzant l’escurador, els investigadors persegueixen la seva investigació sobre una pregunta molt simple: fins a quin punt fa La cel·la del cos difereix d’una altra cèl·lula, en el cas del càncer igual que en les cèl·lules normals? Fins ara, no eren capaços de respondre a aquesta pregunta perquè no tenien la tecnologia per fer-ho. “Gràcies a l’escurçament, ara podem mesurar directament els processos mutacionals que actuen a les cèl·lules per generar noves poblacions genèticament diferents”, diu Ashley Sanders.Per a les següents etapes de la seva investigació, l’equip té previst estudiar processos mutacionals en diferents tipus de cèl·lules humanes i avaluar les conseqüències d’aquestes diferències en termes de malalties humanes.

Etiquetes: càncer, diagnòstic, Heidelberg, KORBEL, Nota de premsa

Deixa un comentari

L'adreça electrònica no es publicarà. Els camps necessaris estan marcats amb *