EMBL co-sviluppa un nuovo metodo che potrebbe facilitare la diagnosi del cancro

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embl co-sviluppa il nuovo metodo che potrebbe facilitare la diagnosi del cancro

Artists Deption of a DNA Strand che esce da un nucleo cellulare. Credito: Tobias Wüstefeld / Embl

I ricercatori guidati da EMBL e il Centro per Bioinformatics presso Saarland University di Saarbrücken hanno sviluppato un metodo più economico e più veloce per verificare la presenza di Genetic Differenze nelle singole celle, che sovraperformano le tecniche esistenti rispetto alle informazioni ricevute. Questo nuovo metodo potrebbe diventare un nuovo standard in una ricerca cellulare singola e potenzialmente per la diagnosi clinica nella genetica della malattia, incluso il cancro. I risultati sono stati pubblicati in natura Biotecnologia.

“Il nostro nuovo metodo per studiare le variazioni genetiche nelle singole cellule potrebbe trasformare il campo del rilevamento della mutazione”, evidenzia Ashley Sander, uno degli autori di guida dello studio, funzionante all’EMBL Heidelberg. Il metodo che lei e i suoi colleghi hanno sviluppato – laminata SCTRIP (lavorazione del tri-canale a cellule singole) – consente loro di studiare variazioni genetiche all’interno del DNA di una singola cella e misurare variazioni genetiche direttamente come si formano in nuove cellule. In contrasto A metodi esistenti che sono stati in grado di rilevare solo cambiamenti su larga scala nel genoma, Sctrip può rilevare modifiche su piccola scala, insieme a molti tipi di variazioni genetiche invisibili utilizzando altri metodi di cellule singole.

I ricercatori testato il loro metodo nello studio delle cellule di leucemia derivate dal paziente. Nel loro campione, il team ha trovato quattro volte più varianti nel paziente che sono state rilevate da una diagnostica clinica standard. Questi includevano un T. Ranslocazione che ha guidato la sovraespressione di un gene che causa il cancro. Hanno anche osservato un catastrofico riarrangiamento cromosomico che mancava nella diagnosi iniziale della leucemia. Probabilmente si è verificato quando un singolo cromosoma distrutto ed è stato poi incollato insieme in un ordine riorganizzato.

“Questi primi risultati mostrano che il nostro metodo è sovraperformando quelli esistenti in modo significativo. Il nostro metodo è molto più veloce e più economico dei metodi attualmente in uso per scoprire le varianti genetiche in singole celle. Questo potrebbe essere molto utile per le applicazioni cliniche “, riassume Tobias Marschall, dal centro per la bioinformatica presso la Saarland University e il Max Planck Institute for Informatics. Il team ha iniziato a espandere il loro uso del loro uso del Metodo per analizzare diverse forme di leucemia e valutare la sua potenziale utilità clinica.

Poiché l’eterogeneità di un campione può essere meglio studiata a livello singolo, ricercatori in tutto il mondo – compresi diversi gruppi di EMBL – stanno lavorando allo sviluppo delle tecnologie per migliorare le informazioni ricevute. “Durante le tecniche esistenti mostrano come possono comportarsi o rispondere a manipolazione o trattamento, ricerca e AP La plicazione ha finora centrato sulla misurazione dell’RNA all’interno di una cella. Tuttavia, la misurazione del DNA in una singola cella ha finora ricevuto molta meno attenzione “, spiega Tobias Marschall. Come si prevede che il DNA fornirà un nuovo livello di comprensione in che modo questi cambiamenti genetici guidano comportamenti di cellule diversi, il nuovo metodo affronta le esigenze dei ricercatori che dei medici.

Sctrip è basato su Una tecnologia Ashley Sanders è stata sviluppata durante il suo dottorato di ricerca a Vancouver. “SCTRIP combina segnali da tre canali distinti di informazioni all’interno del codice genomico della singola cella”, spiega Jan Korbel, leader del gruppo presso Embl Heidelberg. “Facendo così, il nostro metodo ci consente di scoprire lo spettro completo dei riarrangiamenti della DNA nelle singole cellule . “

Ora, utilizzando Sctrip, i ricercatori continuano la loro ricerca su una domanda molto semplice: quanto una cellula del corpo differisce da qualsiasi altra cellula, nel contesto del cancro e nel normale cellule? Fino ad ora, non sono stati in grado di affrontare questa domanda perché mancavano la tecnologia per farlo. “Usando Sctrip Possiamo ora misurare direttamente i processi mutazionali che agiscono nelle cellule per generare nuove popolazioni geneticamente distinte”, afferma Ashley Sanders. Per i prossimi passi nella loro ricerca, il team prevede di studiare i processi mutazionali in diversi tipi di cellule umane e Valutare le conseguenze Queste differenze hanno in termini di malattie umane.

EMBL sviluppa un nuovo metodo che potrebbe facilitare la diagnosi del cancro – i ricercatori più veloci, convenienti e dettagliati

sotto la direzione del laboratorio europeo per la biologia molecolare (EMBL) a Heidelberg e Il centro per la bioinformatica dell’Università di Saarland a Saarbrücken, in Germania, ha sviluppato un metodo più conveniente e più rapido per verificare le differenze genetiche nelle singole cellule che superano le tecniche esistenti relative alle informazioni ottenute. Questo nuovo metodo potrebbe diventare un nuovo standard in singola ricerca cellulare e possibilmente per la diagnosi clinica nella genetica della malattia, incluso il cancro. I risultati sono stati pubblicati in natura biotecnologia.

“Il nostro nuovo metodo di indagine sulle variazioni genetiche nelle singole cellule potrebbe cambiare il campo della prova della mutazione”, enfatizza Ashley Sander, uno dei principali autori dello studio che lavorano L’EMBL Heidelberg. Con il metodo – SCTRIP (elaborazione del tri-canale singolo) sviluppato da esso e dei suoi colleghi – è possibile esaminare le variazioni genetiche nel DNA di una singola cella e misurarle direttamente nell’educazione in nuove cellule. In contrasto con il Metodi precedenti che solo grandi cambiamenti nel genoma potrebbero riconoscere, Sctrip può riconoscere piccoli cambiamenti e molti tipi di variazioni genetiche che non sono visibili ad altri metodi di cellule singole.

I ricercatori hanno testato il loro metodo nello studio della leucemia cellule provenienti da pazienti. Nei loro campioni, il team ha trovato quattro volte più varianti nel paziente che nella diagnostica standard clinica NAC sono stati accennati. Ciò ha incluso una mancanza di traslocazione clinicamente rilevante, che ha causato sovraespressione di un gene cancerogeno. Continuarono a osservare il catastrofico deposito cromosomico, che è stato trascurato alla prima diagnosi di Leukaria. Questo probabilmente è avvenuto come un singolo cromosoma rotto e poi incollato insieme in ordine inverso.

“Questi primi risultati mostrano che il nostro metodo supera il significato esistente. Il nostro metodo è molto più veloce e conveniente rispetto ai metodi attualmente usato per scoprire le varianti genetiche in singole cellule. Questo potrebbe essere molto utile per le applicazioni cliniche “, la Marshal di Tobias riassume il Centro per la bioinformatica dell’Università di Saarland e il Max Planck Institute for Comput Science. Il team ha iniziato a utilizzare il metodo per l’analisi di varie forme di leucemia per espandere e valutare il potenziale beneficio clinico.

Poiché l’eterogeneità di un campione può essere altezza indagata su un singolo livello di cellule, i ricercatori di tutto il mondo – compresi diversi gruppi sull’embl – hanno allo sviluppo di tecnologie per migliorare le informazioni ricevute. “Mentre Le tecniche mostrano come le cellule diverse possono comportarsi o rispondere alla manipolazione o al trattamento, la ricerca e l’applicazione hanno finora focalizzato sulla misurazione dell’RNA in una cella. Tuttavia, la misurazione del DNA in una singola cella ha precedentemente trovato un’attenzione significativamente meno attenzione “, spiega Tobias Marshal. Dal momento che si prevede che la visione del DNA fornirà una nuova comprensione di come questi cambiamenti genetici influiscono sul comportamento delle cellule, il nuovo metodo si concentra sulle esigenze dei ricercatori e dei medici.

sctrip basato su a Tecnologia Ashley Sanders ha co-sviluppato durante la loro promozione a Vancouver. “Sctrip combina segnali da tre diversi canali di informazione all’interno del codice genomico delle singole cellule”, spiega Jan Korbel, Group Manager presso l’Embl Heidelberg. “In questo modo, possiamo usare il nostro metodo per rivelare l’intero spettro dei riarrangiamenti del DNA in individuo Le cellule. “

Con SCTRIP, i ricercatori ora continuano la loro ricerca a una domanda molto semplice: in che misura differisce nel corpo nel corpo da qualsiasi altra cella, sia in connessione con il cancro e le cellule normali? Finora, non potevano rispondere a questa domanda perché mancavano la tecnologia. “Con Screp possiamo ora misurare direttamente i processi di mutazione che vengono eseguiti nelle cellule per produrre nuove popolazioni geneticamente diverse”, afferma Ashley Sander. Per i prossimi passi di ricerca, il team prevede di indagare sui processi di mutazione in vari tipi di cellule umane e valutare gli effetti che avere queste differenze sulle malattie degli umani.

EMBL sviluppa un nuovo metodo che potrebbe facilitare la diagnosi del cancro – i ricercatori

economicamente e dettagliati

del laboratorio europeo della biologia molecolare (EMBL) a Heidelberg e del Bioinformatics Center presso la Saarland University A Saarbrücken, in Germania, hanno sviluppato un metodo più economico ed economico per verificare le differenze genetiche nelle singole cellule, che è molto più efficace nel trattamento delle informazioni ricevute rispetto alle tecniche esistenti. Questo nuovo metodo potrebbe diventare un nuovo riferimento per la ricerca unicellulare, in particolare per quanto riguarda la diagnosi clinica nella genetica della malattia, incluso il cancro. I risultati sono stati pubblicati in natura biotecnologie.

“Il nostro nuovo metodo per studiare le variazioni genetiche nelle singole cellule potrebbe trasformare il campo del rilevamento delle mutazioni”, afferma Ashley Sanders, uno dei principali autori dello studio e dei dipendenti dell’Embl Heidelberg, Germania. Lei e i suoi colleghi hanno sviluppato un metodo chiamato Sctrip (un’elaborazione di cellule singole in tre canali), che consente loro di studiare le variazioni genetiche nel DNA di una singola cella e misurano direttamente le variazioni genetiche in quanto si formano in nuove cellule. A differenza dei metodi esistenti che sono in grado di rilevare solo cambiamenti su larga scala nel genoma, SCTRIP può rilevare le modifiche a piccola scala, oltre a vari tipi di variazioni genetiche impossibili da rilevare utilizzando altri metodi unicellulari.

I ricercatori hanno testato il loro metodo per studiare le cellule da pazienti con leucemia. Nel suo campione, il team ha trovato quattro volte più varianti nel paziente rispetto a quelle rilevate da diagnosi cliniche standard. Questi hanno mostrato l’esistenza di una traslocazione clinicamente rilevante che è andata inosservata e che ha portato a sovraespressione di un gene causando il cancro. Hanno anche osservato un catastrofico riorganizzazione dei cromosomi, che non è stato rilevato nella diagnosi iniziale della leucemia, e che probabilmente era dovuta alla rottura di un singolo cromosoma, che quando si aderisce di nuovo, l’ha fatto in un nuovo ordine.

“Questi primi risultati mostrano che il nostro metodo ha significativamente superando quelli esistenti. Il nostro metodo è molto più veloce ed economico rispetto ai metodi attualmente utilizzati per scoprire varianti genetiche in singole celle. Questo potrebbe essere molto utile per le cliniche delle applicazioni” Dice Tobias Marschall, dal Bioinformatics Center presso l’Università di Saarland e il Max Planck Institute. Il team ha iniziato a espandere l’uso del metodo per analizzare diverse forme di leucemia e valutare il loro potenziale per l’utilità clinica.

Come l’eterogeneità di un campione può essere studiato meglio ad un livello unicellulare, i ricercatori di Il mondo, inclusi diversi gruppi nell’EMBL, stanno lavorando allo sviluppo delle tecnologie per migliorare le informazioni ricevute. “Mentre le tecniche esistenti mostrano come le cellule diverse possono comportarsi o rispondere alla manipolazione o al trattamento, finora, sia la ricerca che la domanda si sono concentrate sulla misurazione dell’RNA di una cella. Tuttavia, la misurazione del DNA in una singola cellula ha ricevuto molto Meno attenzione “, spiega Tobias Marschall. Poiché l’osservazione del DNA dovrebbe fornire un nuovo livello di comprensione di come questi cambiamenti genetici hanno origini diversi comportamenti cellulari, il nuovo metodo affronta le esigenze dei ricercatori che dei medici.

Sctrip è basato su una tecnologia che Ashley Levigatori si sviluppò durante il suo dottorato a Vancouver. “Sctrip combina segni di tre diversi canali di informazioni all’interno del codice genomico della singola cella”, spiega Jan Korbel, leader del gruppo EMBL Heidelberg. “Facendo così, il nostro metodo ci consente di scoprire lo spettro completo dei riarrangiamenti del DNA nelle singole celle.”

Ora, attraverso Sctrip, i ricercatori continuano la loro ricerca chiedendo quanto segue: in situazioni con pazienti con cancro e Pazienti sani, cosa è quello che è diverso da altre cellule? Finora, non potevano rispondere a questa domanda perché mancavano la tecnologia a farlo. “Attraverso Sctrip possiamo ora misurare direttamente i processi mutazionali che agiscono sulle cellule per generare nuove popolazioni geneticamente distinte”, afferma Ashley Sanders. Nelle prossime fasi della sua ricerca, il team prevede di studiare processi mutazionali in diversi tipi di cellule umane e valutare le conseguenze che queste differenze hanno in termini di malattie umane.

L’EMBL ha co-sviluppa un nuovo metodo che potrebbe facilitare la diagnosi del cancro – più veloce, meno costoso e più dettagliato

ricercatori del laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL) di Heidelberg e Il centro di bioinformatico dell’Università di Saarland a Saarbrücken, in Germania, ha sviluppato un metodo meno costoso e più rapido per verificare le differenze genetiche nelle singole celle, che superano le tecniche esistenti in termini di informazioni ricevute. Questo nuovo metodo potrebbe diventare un nuovo standard in una ricerca cellulare unica e, possibilmente, per la diagnosi clinica nella genetica delle malattie, incluso il cancro. I risultati sono stati pubblicati in natura biotecnologia.

“Il nostro nuovo metodo di studio delle variazioni genetiche nelle singole cellule potrebbe trasformare il campo del rilevamento delle mutazioni”, afferma Ashley Sander, uno dei principali autori dello studio, funzionante All’EMBL di Heidelberg, in Germania. Il metodo e i colleghi hanno sviluppato, chiamato ScTrip (trattamento TRI-Channel a cellule singole), consente loro di studiare le variazioni genetiche nel DNA a cellule singole e misurare direttamente le variazioni genetiche quando “sono formati in nuove cellule. A differenza dei metodi esistenti che non rilevano solo cambiamenti su larga scala nel genoma, lo SCTRIP può rilevare modifiche a piccole dimensioni, nonché molti tipi di variazioni genetiche invisibili utilizzando altri metodi di cellule singoli.

I ricercatori testati il loro metodo studiando cellule leucemiche derivate dai pazienti. Nel loro campione, il team ha trovato quattro volte più varianti nel paziente di quello che è stato rilevato dalla diagnostica clinica standard. Ciò include una traslocazione clinicamente rilevante mancata che ha portato alla sovraespressione di un gene cancerogeno. Hanno anche osservato un catastrofico riarrangiamento cromosomico che non era stato rilevato durante la diagnosi iniziale della leucemia. Ciò è probabilmente accaduto quando un cromosoma rotto rotto e fu poi incollato in un nuovo ordine.

“Questi primi risultati mostrano che il nostro metodo supera in gran parte i metodi esistenti. Il nostro metodo è molto più veloce e meno costoso dei metodi Attualmente utilizzato per rilevare le varianti genetiche nelle singole celle. Questo potrebbe essere molto utile per le applicazioni cliniche “, riassume Tobias Marschall, l’Università dell’Università di Saar e il computer dell’Istituto Max Planck. Il team ha iniziato a espandere il suo utilizzo del metodo per analizzare diverse forme di leucemia e valutare la sua potenziale utilità clinica.

Poiché l’eterogeneità di un campione può essere studiata al meglio al livello di un’unica cella, I ricercatori di tutto il mondo – compresi diversi gruppi presso l’EMBL – lavorano su tecnologie in via di sviluppo per migliorare le informazioni ricevute. “Mentre le tecniche esistenti mostrano come le cellule diverse possono comportarsi o reagire alla manipolazione o al trattamento, la ricerca e l’applicazione hanno finora focalizzato sulla misurazione dell’RNA in una cella. Tuttavia, il DNA di misurazione in una singola cella ha finora ricevuto molto Meno attenzione “, spiega Tobias Marschall. Poiché la revisione del DNA dovrebbe capire meglio il modo in cui questi cambiamenti genetici portano a diversi comportamenti cellulari, il nuovo metodo soddisfa le esigenze dei ricercatori e dei medici.

Lo Sctrip si basa su una tecnologia che Ashley Sanders ha co-sviluppato Durante il suo dottorato a Vancouver. “Lo Sctrip combina segnali da tre distinti canali di informazione dal codice genomico della singola cella”, afferma Jan Korbel, leader del gruppo all’EMBL di Heidelberg. “Pertanto, il nostro metodo ci consente di rilevare lo spettro completo dei riarrangiamenti del DNA nelle singole celle.”

Oggi, usando la Scinciup, i ricercatori perseguono la loro ricerca su una domanda molto semplice: in che misura La cellula del corpo differisce da un’altra cella, nel caso del cancro proprio come nelle cellule normali? Finora, non erano in grado di rispondere a questa domanda perché non avevano la tecnologia per farlo. “Grazie alla Scinciup, ora possiamo misurare direttamente i processi mutazionali che agiscono nelle cellule per generare nuove popolazioni geneticamente distinte”, afferma Ashley Sander.Per le prossime fasi della sua ricerca, il team prevede di studiare processi mutazionali in diversi tipi di cellule umane e valutare le conseguenze di queste differenze in termini di malattie umane.

Tags: Cancro, Diagnosi, Heidelberg, Korbel, Comunicato stampa

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