EMBL co-desarrolla un nuevo método que podría facilitar el diagnóstico de cáncer

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EMBL CO-desarrolla un nuevo método que podría facilitar el diagnóstico de cáncer

Artistas Representación de una cadena de ADN saliendo de un núcleo celular. Crédito: Tobias Wüstefeld / EMBL

Los investigadores liderados por EMBL y el Centro de Bioinformática de la Universidad de Saarland en Saarbrücken han desarrollado un método más barato y más rápido para verificar Las diferencias en las células individuales, que superan las técnicas existentes con respecto a la información recibida. Este nuevo método podría convertirse en un nuevo estándar en una investigación de células individuales, y potencialmente para el diagnóstico clínico en la genética de la enfermedad, incluido el cáncer. Los resultados se han publicado en la naturaleza biotecnología.

«Nuestro nuevo método para estudiar variaciones genéticas en las células individuales podría transformar el campo de la detección de mutación», destaca Ashley Sanders, uno de los autores principales del estudio, trabajando en EMBL Heidelberg. El método que ella y sus colegas desarrollaron, denominados SCTRIP (procesamiento de tres canales de células individuales), les permite estudiar variaciones genéticas dentro del ADN de una sola célula y medir variaciones genéticas directamente a medida que se forman en celdas nuevas. En contraste A los métodos existentes que pudieron detectar solo cambios a gran escala en el genoma, SCTRIP puede detectar cambios en pequeña escala, junto con muchos tipos de variaciones genéticas que fueron invisibles utilizando otros métodos de células individuales.

Los investigadores Probó su método al estudiar células de leucemia derivadas del paciente. En su muestra, el equipo encontró cuatro veces más variantes en el paciente de lo detectado por los diagnósticos clínicos estándar. Estos incluían una T Missed clínicamente relevante t Ranslocation que condujo la sobreexpresión de un gen causante del cáncer. También observaron un catastropo de reordenamiento cromosómico que se perdió en el diagnóstico inicial de leucemia. Probablemente ocurrió cuando un solo cromosoma se rompió y luego se pegó de nuevo en un orden reordenado.

«Estos primeros resultados muestran que nuestro método está superando significativamente a los existentes. Nuestro método es mucho más rápido y más barato que los métodos actualmente. En uso para descubrir variantes genéticas en células individuales. Esto podría ser muy útil para las aplicaciones clínicas «, resume Tobias Marschall, desde el centro de bioinformática en la Universidad de Saarland y el Instituto Max Planck para la Informática. El equipo ha comenzado a ampliar su uso de la Método para analizar diferentes formas de leucemia y evaluar su potencial utilidad clínica.

A medida que la heterogeneidad de una muestra se puede estudiar mejor a un nivel de una sola célula, investigadores en todo el mundo, incluidos varios grupos en EMBL. están trabajando en el desarrollo de tecnologías para mejorar la información recibida «. Si bien las técnicas existentes muestran cómo se pueden comportar o responder las células diferentes a la manipulación o el tratamiento, la investigación y el AP La plegación se ha centrado hasta ahora para medir el ARN dentro de una celda. Sin embargo, medir el ADN en una sola célula ha recibido mucho menos atención, «explica Tobias Marschall. Como se espera que mirar el ADN proporcionará un nuevo nivel de comprensión en la forma en que estos cambios genéticos impulsan diferentes comportamientos de células, el nuevo método aborda las necesidades de los investigadores y los médicos.

sculmit se basa en Una tecnología Ashley Sanders co-desarrollada durante su PhD en Vancouver. «SCTRIP combina señales de tres canales distintos de información desde el código genómico de la célula individual», explica Jan Korbel, líder de grupo en EMBL Heidelberg «. Al hacerlo, nuestro método nos permite descubrir el espectro completo de los reorganizadores de ADN en células individuales. . «

Ahora, utilizando SCTRIP, los investigadores continúan su investigación sobre una pregunta muy básica: ¿cuánto se diferencia de una célula en el cuerpo de cualquier otra célula, en el contexto del cáncer, así como en la normalidad? ¿células? Hasta ahora, no pudieron abordar esta pregunta porque carecían de la tecnología para hacerlo. «Utilizando SCtrip, ahora podemos medir directamente los procesos mutacionales que actúan en las células para generar nuevas poblaciones genéticamente distintas», dice Ashley Sanders. Para los próximos pasos en su investigación, el equipo planea estudiar procesos mutacionales en diferentes tipos de células humanas, y a Evaluar las consecuencias que estas diferencias tienen en términos de enfermedades humanas.

EMBL desarrolla un nuevo método que podría facilitar los investigadores del diagnóstico de cáncer, rentable, rentable y detallado

bajo la dirección del laboratorio europeo para la biología molecular (EMBL) en Heidelberg y El Centro de Bioinformática de la Universidad de Saarland en Saarbrücken, Alemania, ha desarrollado un método más rentable y más rápido para verificar las diferencias genéticas en las células individuales que exceden las técnicas existentes relacionadas con la información obtenida. Este nuevo método podría convertirse en un nuevo estándar en la investigación de células individuales y posiblemente para el diagnóstico clínico en la genética de la enfermedad, incluido el cáncer. Los resultados se publicaron en la naturaleza biotecnología.

«Nuestro nuevo método de investigación de las variaciones genéticas en las células individuales podría cambiar el campo de la prueba de mutación», enfatiza Ashley Sanders, uno de los principales autores del estudio trabajando en El EMBL Heidelberg. Con el método: SCTRIP (procesamiento de un solo canal de células) desarrollado por ella y sus colegas, puede examinar las variaciones genéticas en el ADN de una sola célula y medirlas directamente en la educación en nuevas células. En contraste con el Los métodos anteriores que solo los grandes cambios en el genoma podrían reconocer, SCTRIP puede reconocer pequeños cambios y muchos tipos de variaciones genéticas que no son visibles para otros métodos de células individuales.

Los investigadores probaron su método en el estudio de la leucemia Células que provienen de pacientes. En sus muestras, el equipo encontró cuatro veces más variantes en el paciente que en el Diagnóstico estándar clínico NAC fueron insinuados. Esto incluía una falta de translocación clínicamente relevante, que causó la sobreexpresión de un gen carcinogénico. Continuaron observando el almacenamiento de cromosomas catastróficos, que se pasó por alto en el primer diagnóstico de leukaria. Esto probablemente sucedió como un solo cromosoma roto y luego pegado en orden inverso.

«Estos primeros resultados muestran que nuestro método supera el significado existente. Nuestro método es mucho más rápido y más rentable que los métodos actualmente. Se utiliza para descubrir variantes genéticas en células individuales. Esto podría ser muy útil para las aplicaciones clínicas, «Tobias Marshal resume el Centro de Bioinformática de la Universidad de Saarland y el Instituto Max Planck de Ciencias de la Computación. El equipo ha comenzado a utilizar el método de análisis. De varias formas de leucemia para expandir y evaluar el beneficio clínico potencial.

Dado que la heterogeneidad de una muestra puede investigarse mejor en un solo nivel de células, investigadores de todo el mundo, incluidos varios grupos en el EMBL – tienen En el desarrollo de tecnologías para mejorar la información recibida «. Mientras Las técnicas muestran cómo las diferentes células pueden comportarse o responder a la manipulación o el tratamiento, la investigación y la aplicación se han centrado hasta ahora en la medición del ARN en una célula. Sin embargo, la medición del ADN en una sola célula ha encontrado previamente una atención significativamente menor «, explica el mariscal de Tobias. Dado que se espera que la vista del ADN proporcione una nueva comprensión de cómo estos cambios genéticos afectan el comportamiento de las células, el nuevo método se centra en las necesidades de los investigadores y los médicos.

sculmit en función de un Tecnología Ashley Sanders ha co-desarrollado durante su promoción en Vancouver. «SCTRIP combina señales de tres canales de información diferentes dentro del código genómico de las células individuales», explica Jan Korbel, Group Manager en el EMBL Heidelberg «.» De esta manera, podemos usar nuestro método para revelar todo el espectro de los reordenamientos de ADN en individuo. células «.

Con SCTRIP, los investigadores ahora continúan su investigación a una pregunta muy básica: ¿En qué medida se diferencia en el cuerpo en el cuerpo de cualquier otra célula, tanto en relación con el cáncer como con las células normales? Hasta ahora, no pudieron responder a esta pregunta porque carecían de la tecnología. «Con SCtrip, ahora podemos medir directamente los procesos de mutación que se ejecutan en las células para producir nuevas poblaciones genéticamente diferentes», dice Ashley Sanders. Para los próximos pasos de investigación, el equipo planea investigar los procesos de mutación en varios tipos de células humanas y evaluar los efectos que Tener estas diferencias en las enfermedades de los humanos.

EMBL desarrolla un nuevo método que podría facilitar el diagnóstico del cáncer – de forma más rápida, económica y detallada

Los investigadores del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Heidelberg y el Centro de Bioinformática de la Universidad de Saarland en Saarbrücken, Alemania, han desarrollado un método más barato y rápido para verificar las diferencias genéticas en células individuales, que es mucho más efectivo en el tratamiento de la información recibida que las técnicas existentes. Este nuevo método podría convertirse en un nuevo referente de la investigación unicelular, especialmente en lo que concierne al diagnóstico clínico en genética de enfermedades, incluido el cáncer. Los resultados han sido publicados en Nature Biotechnology.

«Nuestro nuevo método para estudiar las variaciones genéticas en células individuales podría transformar el campo de la detección de mutaciones», destaca Ashley Sanders, una de las autoras principales del estudio y empleada del EMBL Heidelberg, Alemania. Ella y sus compañeros desarrollaron un método llamado scTRIP (procesamiento de una sola célula en tres canales), que les permite estudiar las variaciones genéticas en el ADN de una sola célula y medir directamente las variaciones genéticas a medida que se forman en nuevas células. A diferencia de los métodos existentes que solo son capaces de detectar cambios a gran escala en el genoma, scTRIP puede detectar cambios a pequeña escala, además de diversos tipos de variaciones genéticas que eran imposibles de detectar utilizando otros métodos unicelulares.

Los investigadores probaron su método para estudiar las células de pacientes con leucemia. En su muestra, el equipo encontró cuatro veces más variantes en el paciente que las detectadas por los diagnósticos clínicos estándar. Estas evidenciaron la existencia de una translocación clínicamente relevante que pasó desapercibida y que llevó a la sobreexpresión de un gen causante de cáncer. También observaron un reordenamiento catastrófico de los cromosomas, que no se detectó en el diagnóstico inicial de leucemia, y que probablemente se debió a la ruptura de un solo cromosoma, que al adherirse de nuevo, lo hizo en un nuevo orden.

«Estos primeros resultados muestran que nuestro método está superando significativamente a los existentes. Nuestro método es mucho más rápido y barato que los métodos que se utilizan en la actualidad para descubrir variantes genéticas en células individuales. Esto podría ser muy útil para aplicaciones clínicas», afirma Tobias Marschall, del Centro de Bioinformática en la Universidad de Saarland y del Instituto Max Planck de Informática. El equipo ha comenzado a ampliar el uso del método para analizar diferentes formas de leucemia y evaluar su potencial de utilidad clínica.

Como la heterogeneidad de una muestra puede estudiarse mejor a nivel unicelular, investigadores de todo el mundo, incluyendo varios grupos en el EMBL, están trabajando en el desarrollo de tecnologías para mejorar la información recibida. «Mientras que las técnicas existentes muestran cómo las diferentes células pueden comportarse o responder a la manipulación o al tratamiento, hasta ahora, tanto la investigación como la aplicación se han centrado en la medición del ARN de una célula. Sin embargo, la medición del ADN en una sola célula ha recibido mucha menos atención», explica Tobias Marschall. Como se espera que la observación del ADN proporcione un nuevo nivel de comprensión de cómo estos cambios genéticos originan diferentes comportamientos celulares, el nuevo método aborda las necesidades tanto de los investigadores como de los médicos.

scTRIP está basado en una tecnología que Ashley Sanders desarrolló durante su doctorado en Vancouver. «scTRIP combina señales de tres canales de información distintos dentro del código genómico de la célula individual», explica Jan Korbel, líder del grupo EMBL Heidelberg. «Al hacerlo, nuestro método nos permite descubrir el espectro completo de reordenamientos de ADN en células individuales. «

Ahora, mediante scTRIP, los investigadores continúan su investigación preguntándose lo siguiente: en situaciones con pacientes con cáncer y pacientes sanos, ¿qué es lo que diferencia a unas células de otras? Hasta ahora, no podían responder a esta pregunta porque carecían de la tecnología para hacerlo. «Mediante scTRIP ahora podemos medir directamente los procesos mutacionales que actúan en las células para generar nuevas poblaciones genéticamente distintas», dice Ashley Sanders. En las próximas etapas en su investigación, el equipo planea estudiar procesos mutacionales en diferentes tipos de células humanas y evaluar las consecuencias que estas diferencias tienen en términos de enfermedades humanas.

El EMBL co-desarrolla un nuevo método que podría facilitar el diagnóstico de cáncer, más rápido, menos costoso y más detallado

investigadores del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) de Heidelberg y El centro bioinformático de la Universidad de Saarland en Saarbrücken, Alemania, ha desarrollado un método menos costoso y más rápido para verificar las diferencias genéticas en las células individuales, lo que excede las técnicas existentes en términos de información recibida. Este nuevo método podría convertirse en un nuevo estándar en una investigación célula única y, posiblemente, para el diagnóstico clínico en genética de enfermedades, incluido el cáncer. Los resultados se han publicado en la naturaleza biotecnología.

«Nuestro nuevo método para estudiar las variaciones genéticas en las células individuales podría transformar el campo de la detección de mutaciones», dice Ashley Sanders, uno de los principales autores del estudio, trabajando. En el EMBL por Heidelberg, Alemania. El método y los colegas se han desarrollado, llamados SCTRIP (tratamiento de tri-canal de células de una sola célula), les permite estudiar variaciones genéticas en el ADN de una sola célula y mide directamente las variaciones genéticas cuando se forman en celdas nuevas. A diferencia de los métodos existentes que no detectaron solo cambios a gran escala en el genoma, el SCTRIP puede detectar cambios a pequeña escala, así como muchos tipos de variaciones genéticas que fueron invisibles utilizando otros métodos de células individuales.

investigadores analizados Su método estudiando células leucémicas derivadas de pacientes. En su muestra, el equipo encontró cuatro veces más variantes en el paciente de lo que había sido detectado por los diagnósticos clínicos estándar. Esto incluye una translocación clínicamente relevante perdida que resultó en la sobreexpresión de un gen carcinogénico. También observaron un catastronamiento cromosómico catastrófico que no se había detectado durante el diagnóstico inicial de la leucemia. Esto probablemente ha sucedido cuando un cromosoma se rompió y luego se ponía pegado en un nuevo orden.

«Estos primeros resultados muestran que nuestro método supera en gran medida los métodos existentes. Nuestro método es mucho más rápido y menos costoso que los métodos. Actualmente se utiliza para detectar variantes genéticas en células individuales. Esto podría ser muy útil para las aplicaciones clínicas «, resume Tobias Marschall, la Universidad de la Universidad de Saar y el Instituto Max Planck Computer. El equipo ha comenzado a ampliar su uso del método para analizar diferentes formas de leucemia y evaluar su potencial utilidad clínica.

A medida que la heterogeneidad de una muestra se puede estudiar en el mejor de los casos a nivel de una sola célula, Investigadores de todo el mundo, incluidos varios grupos en el EMBL, trabajan en el desarrollo de tecnologías para mejorar la información recibida. «Si bien las técnicas existentes muestran cómo se pueden comportar o reaccionar o reaccionar a la manipulación o el tratamiento, la búsqueda y la aplicación se han centrado hasta ahora en la medición del ARN en una celda. Sin embargo, el ADN de medición en una sola célula ha recibido mucho. Menos atención «, explica Tobias Marschall. Como se espera que la revisión de ADN entienda mejor cómo estos cambios genéticos conducen a diferentes comportamientos celulares, el nuevo método satisface las necesidades de los investigadores y los médicos.

El SCTRIP se basa en una tecnología que Ashley Sanders Co-desarrolló Durante su doctorado en Vancouver. «El SCTRIP combina señales de tres canales de información distintos del código genómico de la celda individual», dice Jan Korbel, líder de grupo en el EMBL por Heidelberg. «Por lo tanto, nuestro método nos permite detectar el espectro completo de los reorganizadores de ADN en las células individuales».

hoy, utilizando el SCTRIP, los investigadores persiguen su investigación sobre una pregunta muy simple: ¿en qué medida lo hace una extensión? ¿La célula del cuerpo difiere de otra célula, en el caso del cáncer al igual que en las células normales? Hasta ahora, no pudieron responder a esta pregunta porque no tenían la tecnología para hacerlo. «Gracias al SCTRIP, ahora podemos medir directamente los procesos mutacionales que actúan en las células para generar nuevas poblaciones genéticamente distintas», dice Ashley Sanders.Para las próximas etapas de su investigación, el equipo planea estudiar procesos mutacionales en diferentes tipos de células humanas y evaluar las consecuencias de estas diferencias en términos de enfermedades humanas.

Etiquetas: cáncer, diagnóstico, heidelberg, Korbel, comunicado de prensa

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