EMBL Co-desenvolve un novo método que podería facilitar o diagnóstico do cancro

Este artigo tamén está dispoñible en alemán, español e francés.

EMBL Co-desenvolve un novo método que podería facilitar o diagnóstico do cancro

Artistas representando unha corda de ADN saíndo dun núcleo celular. Crédito: Tobias Wüstefeld / Embl

Os investigadores liderados por EMBL eo centro de bioinformática na Universidade de Saarland en Saarbrücken desenvolveron un método máis barato e máis rápido para comprobar a xenética Diferenzas en células individuais, que superan as técnicas existentes con respecto á información recibida. Este novo método podería converterse nun novo estándar en investigación celular única e potencialmente para o diagnóstico clínico na xenética da enfermidade, incluído o cancro. Os resultados publicáronse na biotecnoloxía da natureza.

“O noso novo método para estudar variacións xenéticas nas células individuais pode transformar o campo de detección de mutación”, destaca Ashley Sanders, un dos autores do estudo, traballando en EMBL Heidelberg. O método que ela e os seus colegas desenvolveron – denominados SCRIP (procesamento único de tri-canle tri-canle): permítelles estudar variacións xenéticas dentro do ADN dunha única célula e medir as variacións xenéticas directamente mentres se forman en células novas. En contraste a métodos existentes que foron capaces de detectar só cambios a gran escala no xenoma, Sctrip pode detectar cambios a pequena escala, xunto con moitos tipos de variacións xenéticas que foron invisibles utilizando outros métodos de célula única.

Os investigadores probou o seu método para estudar as células leucemia derivadas polo paciente. Na súa mostra, o equipo atopou catro veces máis variantes no paciente do que foron detectados por diagnóstico clínico estándar. Estes incluíron un T ranslocación que levou a sobreexpresión dun xene causante de cancro. Tamén observaron unha gama de cromosoma catastrófica que se perdeu no diagnicio inicial de diagnóstico. Probablemente ocorreu cando un único cromosoma esnaquizado e foi pegado de volta nunha orde reorganizada.

“Estes primeiros resultados mostran que o noso método é superar significativamente os métodos. O noso método é moito máis rápido e máis barato que os métodos actualmente en uso para descubrir variantes xenéticas en células individuais. Isto pode ser moi útil para as aplicacións clínicas “, resume Tobias Marschall, desde o Centro de Bioinformática na Universidade de Saarland eo Instituto Max Planck de Informática. O equipo comezou a expandir o seu uso do seu uso método para analizar diferentes formas de leucemia e avaliar a súa potencial utilidade clínica.

Como a heteroxeneidade dunha mostra pode ser mellor estudada a nivel único, investigadores de todo o mundo, incluídos varios grupos en EMBL – está a traballar no desenvolvemento de tecnoloxías para mellorar a información recibida. “Mentres as técnicas existentes mostran como se poden comportar ou responder a manipulación ou tratamento, investigación e AP A plusión centrarase ata a medición do ARN dentro dunha cela. Non obstante, a medición do ADN nunha soa célula ata agora recibiu moito menos atención “, explica Tobias Marschall. Como se espera que a mirada ao ADN proporcionará un novo nivel de comprensión en como estes cambios xenéticos impulsan diferentes comportamentos celulares, o novo método aborda as necesidades dos investigadores e médicos.

SCRIP está baseado en Unha tecnoloxía Ashley Sanders co-desenvolveu durante o seu doutoramento en Vancouver. “Sctrip combina sinais de tres canles distintas de información dentro do código xenómico da célula individual”, explica Jan Korbel, líder do grupo en Embl Heidelberg. “Facendo isto, o noso método permítenos descubrir o espectro completo de reordenación de ADN nas células individuais . “

Agora, usando SCRIP, os investigadores continúan a súa investigación nunha pregunta moi básica: canto custa unha célula no corpo difire de calquera outra célula, no contexto do cancro, así como na normalidade células? Ata agora, non puideron abordar esta pregunta porque carecían da tecnoloxía para facelo. “Usando SCRIP Agora podemos medir directamente os procesos mutacionais que actúan nas células para xerar novas poboacións xenéticamente distintas”, di Ashley Sanders. Para os próximos pasos da súa investigación, o equipo planea estudar procesos mutacionais en diferentes tipos de células humanas e para Avaliar as consecuencias que estas diferenzas teñen en termos de enfermidades humanas.

EMBL desenvolve un novo método que podería facilitar o diagnóstico do cancro: investigadores máis rápidos, rendibles e detallados

baixo a dirección do laboratorio europeo para a bioloxía molecular (EMBL) en Heidelberg e O Centro de Bioinformática da Universidade de Saarland en Saarbrücken, Alemania, desenvolveron un método máis rendible e máis rápido para comprobar se hai diferenzas xenéticas nas células individuais que superen as técnicas existentes relacionadas coa información obtida. Este novo método podería converterse nun novo estándar en investigación celular individual e posiblemente para o diagnóstico clínico na xenética da enfermidade, incluído o cancro. Os resultados foron publicados en Nature Biotechnology.

“O noso novo método de investigación de variacións xenéticas nas células individuais podería cambiar o campo de proba de mutación”, enfatiza a Ashley Sanders, un dos principais autores do estudo que traballan O EMBL Heidelberg. Co método – SCRIP (procesamento único de tri-canle) desenvolvido por ela e os seus colegas – pode examinar variacións xenéticas no ADN dunha soa célula e medialas directamente na educación en novas células. En contraste co Métodos anteriores que só grandes cambios no xenoma poderían recoñecer, Sctrip pode recoñecer pequenos cambios e moitos tipos de variacións xenéticas que non son visibles para outros métodos únicos de células.

Os investigadores probaron o seu método no estudo da leucemia células que proveñen de pacientes. Nas súas mostras, o equipo atopou catro veces máis variantes no paciente que no diagnóstico clínico NAC foron insinuados. Isto incluíu unha falta de translocación clínica relevante, que causou a sobreexpresión dun xene carcinógeno. Continuaron a observar o almacenamento cromosómico catastrófico, que se pasou por alto o primeiro diaños diakaria. Probablemente sucedeu como un cromosoma único roto e despois pegado en orde inversa.

“Estes primeiros resultados mostran que o noso método supera o significado existente. O noso método é moito máis rápido e máis rendible que os métodos actualmente usado para descubrir variantes xenéticas en células individuais. Isto podería ser moi útil para aplicacións clínicas “, o mariscal de Tobias resume o Centro de Bioinformática da Universidade de Saarland eo Instituto Max Planck para a informática. O equipo comezou a usar o método de análise de varias formas de leucemia para expandir e avaliar o beneficio clínico potencial.

Dado que a heteroxeneidade dunha mostra pode ser investigada mellor nun único nivel de célula, investigadores de todo o mundo, incluídos varios grupos no EMBL: teñen no desenvolvemento das tecnoloxías para mellorar a información recibida. “Mentres As técnicas mostran que as diferentes células poden comportarse ou responder á manipulación ou tratamento, a investigación e a aplicación centraron ata agora na medición do ARN nunha cela. Non obstante, a medición do ADN nunha soa célula xa atopou significativamente menos atención, explica o mariscal de Tobias. Dado que se espera que a vista do ADN proporcionará unha nova comprensión de como estes cambios xenéticos afectan o comportamento das células, o novo método céntrase nas necesidades dos investigadores e médicos.

SCRIP baseado nun Tecnoloxía Ashley Sanders desenvolveuse durante a súa promoción en Vancouver. “Sctrip combina sinais de tres canles de información diferentes dentro do código xenómico das celas individuais”, explica Jan Korbel, director de grupo no EmbL Heidelberg. “Deste xeito, podemos usar o noso método para revelar todo o espectro de reordenamento de ADN en individual Células. “

con SCTIP, os investigadores agora continúan a súa investigación a unha pregunta moi básica: en que medida difiere no corpo do corpo desde calquera outra célula, tanto en conexión con cancro como as células normais? Ata agora, non podían responder a esta pregunta porque carecían da tecnoloxía. “Con SCRIP agora podemos medir directamente os procesos de mutación que corren en células para producir novas poboacións xeneticamente diferentes”, di Ashley Sanders. Para os próximos pasos de investigación, o equipo planea investigar procesos de mutación en varios tipos de células humanas e avaliar os efectos que ten estas diferenzas sobre as enfermidades dos humanos.

EMBL desenvolve un novo método que podería facilitar o diagnóstico do cancro: investigadores máis rápidos, económicos e detallados do Laboratorio Europeo de Bioloxía Molecular (EMBL) en Heidelberg eo Centro Bioinformática da Universidade de Saarland En Saarbrücken, Alemania, desenvolveron un método máis barato e barato para verificar as diferenzas xenéticas nas células individuais, o que é moito máis efectivo no tratamento da información recibida que as técnicas existentes. Este novo método podería converterse nunha nova referencia para a investigación unicelular, especialmente no que se refire ao diagnóstico clínico na xenética da enfermidade, incluído o cancro. Os resultados foron publicados na biotecnoloxía da natureza.

“O noso novo método para estudar variacións xenéticas nas células individuais pode transformar o campo da detección de mutacións”, di Ashley Sanders, un dos principais autores do estudo e empregado do Embl Heidelberg, Alemania. Ela e os seus colegas desenvolveron un método chamado SCRIP (un único procesamento de células en tres canles), o que lles permite estudar as variacións xenéticas no ADN dunha única célula e medir directamente as variacións xenéticas xa que están formadas en células novas. A diferenza dos métodos existentes que só son capaces de detectar cambios a gran escala no xenoma, Sctrip pode detectar cambios a pequena escala, ademais de varios tipos de variacións xenéticas que eran imposibles de detectar usando outros métodos unicelulares.

Os investigadores probaron o seu método para estudar células de pacientes con leucemia. Na súa mostra, o equipo atopou catro veces máis variantes no paciente que as detectadas por diagnósticos clínicos estándar. Estes mostraron a existencia dunha translocación clínicamente relevante que pasou desapercibida e que levou á sobreexpresión dun xene causando cancro. Tamén observaron unha reorganización catastrófica dos cromosomas, que non se detectou no diagnóstico inicial da leucemia, e que probablemente foi debido á ruptura dun único cromosoma, que ao adherirse de novo, fixérono nunha nova orde.

“Estes primeiros resultados mostran que o noso método supera significativamente os existentes. O noso método é moito máis rápido e máis barato que os métodos que se utilizan actualmente para descubrir variantes xenéticas nas células individuais. Isto podería ser moi útil para as clínicas de aplicacións”. Di Tobias Marschall, do Centro de Bioinformática da Universidade de Saarland e do Instituto Max Planck. O equipo comezou a expandir o uso do método para analizar diferentes formas de leucemia e avaliar o seu potencial para a utilidade clínica.

Como a heteroxeneidade dunha mostra pode ser mellor estudada a un nivel unicelular, investigadores de todo O mundo, incluíndo varios grupos no EMBL, están traballando no desenvolvemento de tecnoloxías para mellorar a información recibida. “Mentres as técnicas existentes mostran como se poden comportar as distintas células ou responder á manipulación ou ao tratamento, ata agora, tanto a investigación como a aplicación centráronse na medición do ARN dunha célula. Con todo, a medición do ADN nunha soa célula que recibiu moito Menos atención “, explica Tobias Marschall. A medida que se espera que a observación do ADN proporcione un novo nivel de comprensión de como estes cambios xenéticos orixinan diferentes comportamentos celulares, o novo método aborda as necesidades dos investigadores e os médicos.

SCRIP está baseado nunha tecnoloxía que Ashley Sanders desenvolveuse durante o seu doutorado en Vancouver. “Sctrip combina signos de tres canles de información diferentes dentro do código xenómico da célula individual”, explica Jan Korbel, líder do EMBL Heidelberg Group. “Ao facelo, o noso método permítenos descubrir o espectro completo de reorganización de ADN en células individuais.”

Agora, a través de SCRIP, os investigadores continúan a súa investigación facendo o seguinte: en situacións con pacientes con cancro e Pacientes saudables, que é o que é diferente doutras células? Ata agora, non podían responder a esta pregunta porque carecían da tecnoloxía para facelo. “A través de SCRIP agora podemos medir directamente os procesos mutacionais que actúan nas células para xerar novas poboacións xenéticamente distintas”, di Ashley Sanders. Nas próximas etapas da súa investigación, o equipo planea estudar procesos mutacionais en diferentes tipos de células humanas e avaliar as consecuencias que estas diferenzas teñen en termos de enfermidades humanas.

O EMBL Co-desenvolve un novo método que podería facilitar o diagnóstico de cancro – máis rápido, menos custoso e máis detallado

Os investigadores do Laboratorio de Bioloxía Molecular Europea (EMBL) de Heidelberg e O Centro Bioinformática da Universidade de Saarland en Saarbrücken, Alemania, desenvolveron un método menos caro e máis rápido para verificar as diferenzas xenéticas nas células individuais, que superan as técnicas existentes en termos de información recibida. Este novo método podería converterse nun novo estándar en investigación celular única e, posiblemente, para o diagnóstico clínico na xenética das enfermidades, incluído o cancro. Os resultados foron publicados na biotecnoloxía da natureza.

“O noso novo método de estudo de variacións xenéticas nas células individuais pode transformar o campo da detección de mutacións”, di Ashley Sanders, un dos principais autores do estudo, traballando No Embl por Heidelberg, Alemania. O método e os colegas desenvolveron, chamado SCRIP (tratamento único de tri-canle tri-canle), permítelles estudar variacións xenéticas no ADN celular único e medir directamente as variacións xenéticas cando se forman en novas células. A diferenza dos métodos existentes que non detectaron só cambios a gran escala no xenoma, o SCRIP pode detectar pequenas cambios a escala, así como moitos tipos de variacións xenéticas que eran invisibles utilizando outros métodos únicos de células.

Os investigadores probados O seu método estudando células leucémicas derivadas dos pacientes. Na súa mostra, o equipo atopou catro veces máis variantes no paciente que o que fora detectado por diagnóstico clínico estándar. Isto inclúe unha translocación clínicamente relevante perdida que resultou na sobreexpresión dun xene carcinógeno. Tamén observaron unha gama catastrófica reorganización cromosómica que non se detectou durante o diagnóstico inicial da leucemia. Isto probablemente pasou cando un cromosoma rompeu e foi pegado nunha nova orde.

“Estes primeiros resultados mostran que o noso método supera en gran medida os métodos existentes. O noso método é moito máis rápido e menos custoso que os métodos Actualmente utilizado para detectar variantes xenéticas en células individuais. Isto podería ser moi útil para aplicacións clínicas “, resume Tobias Marschall, a Universidade da Universidade de Saar e do Instituto Max Planck Computer. O equipo comezou a expandir o seu uso do método para analizar diferentes formas de leucemia e avaliar a súa potencial utilidade clínica.

A medida que a heteroxeneidade dunha mostra pode ser estudada no mellor dos casos, Investigadores de todo o mundo, incluídos varios grupos no EMBL: traballan en desenvolvemento de tecnoloxías para mellorar a información recibida. “Mentres as técnicas existentes mostran como se poden comportar diferentes células ou reaccionar á manipulación ou tratamento, a procura e a aplicación centraron ata agora na medición do ARN nunha cela. Non obstante, o ADN de medición nunha única célula ata agora recibiu moito Menos atención “, explica Tobias Marschall. A medida que se espera que a revisión do ADN comprenda mellor como estes cambios xenéticos levan a diferentes comportamentos celulares, o novo método atópase coas necesidades dos investigadores e os médicos.

O SCRIP está baseado nunha tecnoloxía que Ashley Sanders co-desenvolveu Durante o seu doutoramento en Vancouver. “O SCTIP combina sinais de tres canles de información distintas do código xenómico da célula individual”, di Jan Korbel, líder do grupo no Embl de Heidelberg. “Deste xeito, o noso método permítenos detectar o espectro completo de reorganizacións de ADN nas células individuais.”

Hoxe, usando o SCRIP, os investigadores perseguen a súa investigación nunha pregunta moi sinxela: en que medida a A célula do corpo difire doutra célula, no caso do cancro como nas células normais? Ata agora, non foron capaces de responder a esta pregunta porque non tiñan a tecnoloxía para facelo. “Grazas ao Sctrip, agora podemos medir directamente os procesos mutacionais que actúan nas células para xerar novas poboacións xenéticamente distintas”, di Ashley Sanders.Para as seguintes etapas da súa investigación, o equipo planea estudar procesos mutacionais en diferentes tipos de células humanas e para avaliar as consecuencias destas diferenzas en termos de enfermidades humanas.

Etiquetas: cancro, diagnóstico, heidelberg, Korbel, comunicado de prensa

Deixa unha resposta

O teu enderezo electrónico non se publicará Os campos obrigatorios están marcados con *