EMBL co-desenvolve novo método que poderia facilitar o diagnóstico de câncer

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EMBL Co-desenvolve novo método que poderia facilitar o diagnóstico de câncer

Representação de artistas de uma cadeia de DNA saindo de um núcleo de células. CRÉDITO: TOBIAS WÜSTEFELD / EMBL

Os pesquisadores liderados pela EMBL e do Centro de Bioinformática da Universidade de Saarland em Saarbrücken desenvolveram um método mais barato e mais rápido para verificar se há diferenças em células individuais, que supera as técnicas existentes em relação às informações recebidas. Este novo método pode se tornar um novo padrão em pesquisa celular único e potencialmente para o diagnóstico clínico na genética da doença, incluindo o câncer. Os resultados foram publicados na biotecnologia da natureza.

“Nosso novo método para estudar variações genéticas em células individuais pode transformar o campo da detecção de mutação”, destaca Ashley Sanders, um dos principais autores do estudo, Na Embl Heidelberg. O método que ela e seus colegas desenvolveram – denominaram SCTRIP (processamento de tricanais de células únicas) – permite estudar variações genéticas dentro do DNA de uma única célula e medir variações genéticas diretamente como se formam em novas células. Em contraste Para os métodos existentes que foram capazes de detectar apenas alterações em larga escala no genoma, o SCTRIP pode detectar alterações de pequena escala, juntamente com muitos tipos de variações genéticas que eram invisíveis usando outros métodos de células únicos.

os pesquisadores Testou seu método em estudar células de leucemia derivadas do paciente. Em sua amostra, a equipe encontrou quatro vezes mais variantes no paciente do que foram detectadas por diagnósticos clínicos padrão. Estes incluíram uma tensão clínica perdida ranslocalização que levou a superexpressão de um gene causador de câncer. Eles também observaram um rearranjo cromossômico catastrófico que foi perdido no diagnóstico inicial da leucemia. Provavelmente ocorreu quando um único cromossomo se despedaçou e foi colado de volta em uma ordem rearranjada.

“Estes primeiros resultados mostram que nosso método está superando significativamente os existentes. Nosso método é muito mais rápido e mais barato que os métodos atualmente em uso para descobrir variantes genéticas em células únicas. Isso pode ser muito útil para aplicações clínicas “, resume Tobias Marschall, do centro da Bioinformática na Saarland University e no Instituto Max Planck for Informatics. A equipe começou a expandir seu uso do Método para analisar diferentes formas de leucemia e avaliar seu potencial utilitário clínico.

Como a heterogeneidade de uma amostra pode ser melhor estudada em um nível de célula única, pesquisadores em todo o mundo – incluindo vários grupos na EMBL – estão trabalhando no desenvolvimento de tecnologias para melhorar as informações recebidas. “Embora as técnicas existentes mostrem como as células diferentes podem se comportar ou responder à manipulação ou tratamento, pesquisa e AP A plicação até agora centrou-se em medir o RNA dentro de uma célula. No entanto, medir o DNA em uma única célula até agora recebeu muito menos atenção “, explica Tobias Marschall. Como se espera que o DNA forneça um novo nível de entendimento em como essas mudanças genéticas impulsionam comportamentos de células diferentes, o novo método aborda as necessidades de pesquisadores e médicos.

sctrip é baseado em Uma tecnologia Ashley Sanders co-se desenvolveram durante seu doutorado em Vancouver. “Sctrip combina sinais de três canais distintos de informações de dentro do código genômico da célula individual”, explica Jan Korbel, líder de grupo na Embl Heidelberg. “Fazendo, nosso método nos permite descobrir o espectro completo de rearranjos de DNA em células individuais . “

Agora, usando sctrip, os pesquisadores continuam sendo suas pesquisas sobre uma pergunta muito básica: quanto uma célula no corpo difere de qualquer outra célula, no contexto do câncer, bem como em células? Até agora, eles foram incapazes de resolver essa questão porque faltavam a tecnologia para fazê-lo. “Usando o SCTRIP, podemos agora medir diretamente os processos mutacionais que atuam em células para gerar novas populações geneticamente distintas”, diz Ashley Sanders. Para os próximos passos em sua pesquisa, a equipe planeja estudar processos mutacionais em diferentes tipos de células humanas, e Avaliar as conseqüências que essas diferenças têm em termos de doenças humanas.

EMBL desenvolve um novo método que pode facilitar o diagnóstico do câncer – mais rápido, rentável e detalhado

investigadores sob a direção do Laboratório Europeu para Biologia Molecular (EMBL) em Heidelberg e O Centro de Bioinformática da Universidade de Saarland, em Saarbrücken, na Alemanha, desenvolveu um método mais econômico e mais rápido para verificar as diferenças genéticas em células individuais que excedem as técnicas existentes relacionadas às informações obtidas. Este novo método pode se tornar um novo padrão em pesquisa celular individual e, possivelmente, para o diagnóstico clínico na genética da doença, incluindo o câncer. Os resultados foram publicados na biotecnologia da natureza.

“Nosso novo método de investigação de variações genéticas em células individuais pode mudar o campo da prova de mutação”, enfatiza ashley Sanders, um dos principais autores do estudo que trabalham em O EMBL Heidelberg. Com o método – SCTRIP (processamento de tréculo de células única) desenvolvido por ele e seus colegas – você pode examinar variações genéticas no DNA de uma única célula e medi-los diretamente na educação em novas células. Em contraste com o métodos anteriores que apenas grandes mudanças no genoma podem reconhecer, o SCTRIP pode reconhecer pequenas alterações e muitos tipos de variações genéticas que não são visíveis a outros métodos de células únicas.

Os pesquisadores testaram seu método no estudo da leucemia células que vêm de pacientes. Em suas amostras, a equipe encontrou quatro vezes mais variantes no paciente do que no diagnóstico padrão clínico NAC foram sugeridos. Isto incluiu uma falta de translocação clinicamente relevante, que causou a superexpressão de um gene carcinogênico. Eles continuaram a observar o armazenamento cromossômico catastrófico, que foi negligenciado no primeiro diagnóstico de leukaria. Isso provavelmente aconteceu como um cromossomo único quebrado e, em seguida, colado em ordem inversa.

“Estes primeiros resultados mostram que nosso método excede a significância existente. Nosso método é muito mais rápido e mais econômico do que os métodos atualmente Usado para descobrir variantes genéticas em células individuais. Isso pode ser muito útil para aplicações clínicas “, Tobias Marshal resume o centro de bioinformática da Universidade de Saarland e o Instituto Max Planck para a Ciência da Computação. A equipe começou a usar o método para análise de várias formas de leucemia para expandir e avaliar o potencial benefício clínico.

Como a heterogeneidade de uma amostra pode ser melhor investigada em um único nível de célula, pesquisadores em todo o mundo – incluindo vários grupos na EMBL – tem no desenvolvimento de tecnologias para melhorar as informações recebidas. “Enquanto As técnicas mostram como as células diferentes podem se comportar ou responder à manipulação ou tratamento, pesquisa e aplicação até agora se concentraram na medição do RNA em uma célula. No entanto, a medição do DNA em uma única célula encontrou anteriormente menos atenção “, explica o marechal de Tobias. Uma vez que espera-se que a visão do DNA fornecerá uma nova compreensão de como essas mudanças genéticas afetam o comportamento das células, o novo método se concentra nas necessidades de pesquisadores e médicos.

sctrip baseado em um Tecnologia Ashley Sanders co-desenvolvida durante sua promoção em Vancouver. “Sctrip combina sinais de três diferentes canais de informações dentro do código genômico das células individuais”, explica Jan Korbel, gerente de grupo no Embl Heidelberg. “Desta forma, podemos usar nosso método para revelar todo o espectro de rearranjos de DNA em Células “.

Com Sctrip, pesquisadores agora continuam sua pesquisa para uma pergunta básica: até que ponto difere no corpo no corpo de qualquer outra célula, tanto em conexão com câncer e células normais? Até agora, eles não podiam responder a essa pergunta porque faltavam a tecnologia. “Com Sctrip, podemos medir diretamente os processos de mutação que são executados em células para produzir novas populações geneticamente diferentes”, diz Ashley Sanders. Para os próximos passos de pesquisa, a equipe planeja investigar processos de mutação em vários tipos de células humanas e avaliar os efeitos que ter essas diferenças nas doenças dos humanos.

EMBL desenvolve um novo método que pode facilitar o diagnóstico do câncer – mais rápido, economicamente e detalhado

Pesquisadores do Laboratório Europeu de Biologia Molecular (EMBL) em Heidelberg e no Bioinformatics Center da Universidade de Saarland Em Saarbrücken, Alemanha, desenvolveram um método mais barato e barato para verificar as diferenças genéticas em células individuais, o que é muito mais eficaz no tratamento de informações recebidas do que as técnicas existentes. Este novo método pode se tornar uma nova referência para a pesquisa unicelular, especialmente no que diz respeito ao diagnóstico clínico na genética da doença, incluindo o câncer. Os resultados foram publicados na biotecnologia da natureza.

“Nosso novo método para estudar variações genéticas em células individuais pode transformar o campo da detecção de mutações”, diz Ashley Sanders, um dos principais autores do estudo e funcionário da Embl Heidelberg, Alemanha. Ela e seus colegas desenvolveram um método chamado Sctrip (um processamento de células única em três canais), o que permite estudar as variações genéticas no DNA de uma única célula e medir diretamente as variações genéticas, pois são formadas em novas células. Ao contrário dos métodos existentes que só são capazes de detectar alterações em larga escala no genoma, o SCTRIP pode detectar alterações em pequena escala, além de vários tipos de variações genéticas que eram impossíveis de detectar usando outros métodos unicelulares.

Pesquisadores testaram seu método para estudar células de pacientes com leucemia. Em sua amostra, a equipe encontrou quatro vezes mais variantes no paciente do que as detectadas por diagnósticos clínicos padrão. Estes mostraram a existência de uma translocação clinicamente relevante que passou despercebida e que levava à superexpressão de um gene causando câncer. Eles também observaram um rearranjo catastrófico dos cromossomos, que não foi detectado no diagnóstico inicial de leucemia, e que provavelmente foi devido à ruptura de um único cromossomo, que ao aderir novamente, fez em uma nova ordem.

“Estes primeiros resultados mostram que nosso método está significativamente superando os existentes. Nosso método é muito mais rápido e mais barato do que os métodos que estão atualmente usados para descobrir variantes genéticas em células individuais. Isso pode ser muito útil para clínicas de aplicativos” Diz Tobias Marschall, do Bioinformatics Center da Universidade de Saarland e do Instituto Max Planck. A equipe começou a expandir o uso do método para analisar diferentes formas de leucemia e avaliar seu potencial de utilidade clínica.

Como a heterogeneidade de uma amostra pode ser melhor estudada em um nível unicelular, pesquisadores de O mundo, incluindo vários grupos na EMBL, eles estão trabalhando no desenvolvimento de tecnologias para melhorar as informações recebidas. “Embora as técnicas existentes mostrem como as células diferentes podem se comportar ou responder à manipulação ou tratamento, até agora, tanto a pesquisa quanto a aplicação se concentraram na medição do RNA de uma célula. No entanto, a medição do DNA em uma única célula que recebeu muito menos atenção “, explica Tobias Marschall. Como espera-se que a observação de DNA forneça um novo nível de compreensão de como essas alterações genéticas originam diferentes comportamentos celulares, o novo método aborda as necessidades de ambos os pesquisadores e médicos.

sctrip é baseado em uma tecnologia que Ashley Sanders se desenvolveram durante seu doutorado em Vancouver. “Sctrip combina sinais de três diferentes canais de informação dentro do código genômico da célula individual”, explica Jan Korbel, líder do grupo Embl Heidelberg. “Ao fazê-lo, nosso método nos permite descobrir o espectro completo de rearranjos de DNA em células individuais.”

Agora, através do SCTRIP, os pesquisadores continuam sua pesquisa fazendo o seguinte: Em situações com pacientes com câncer e pacientes saudáveis, o que é diferente de outras células? Até agora, eles não poderiam responder a essa pergunta porque faltavam a tecnologia para fazer isso. “Através do SCTRIP, podemos agora medir diretamente os processos mutacionais que atuam em células para gerar novas populações geneticamente distintas”, diz Ashley Sanders. Nos últimos estágios em sua pesquisa, a equipe planeja estudar processos mutacionais em diferentes tipos de células humanas e avaliar as conseqüências de que essas diferenças têm em termos de doenças humanas.

O EMBL co-desenvolve um novo método que pode facilitar o diagnóstico de câncer – mais rápido, menos dispendioso e mais detalhado

do Laboratório Europeu de Biologia Molecular (EMBL) de Heidelberg e O Bioinformatics Center da Universidade de Saarland, em Saarbrücken, na Alemanha, desenvolveu um método menos dispendioso e mais rápido para verificar as diferenças genéticas em células individuais, o que excede técnicas existentes em termos de informação recebida. Este novo método pode se tornar um novo padrão em pesquisa celular exclusiva e, possivelmente, para o diagnóstico clínico em genética de doenças, incluindo o câncer. Os resultados foram publicados na biotecnologia da natureza.

“Nosso novo método de estudar variações genéticas em células individuais pode transformar o campo da detecção de mutações”, diz Ashley Sanders, um dos principais autores do estudo, No emblo por Heidelberg, Alemanha. O método e os colegas se desenvolveram, chamados sctrip (tratamento tricanal de célula única), permitem estudar variações genéticas no DNA de células simples e medir diretamente as variações genéticas quando são formadas em novas células. Ao contrário dos métodos existentes que não detectaram apenas alterações em grande escala no genoma, o sctrip pode detectar alterações de pequena escala, bem como muitos tipos de variações genéticas que foram invisíveis usando outros métodos de células únicos.

pesquisadores testados seu método estudando células leucêmicas derivadas de pacientes. Em sua amostra, a equipe encontrou quatro vezes mais variantes no paciente do que foi detectado por diagnósticos clínicos padrão. Isso inclui uma translocação clinicamente relevante perdida, que resultou na superexpressão de um gene carcinogênico. Eles também observaram um rearranjo cromossômico catastrófico que não havia sido detectado durante o diagnóstico inicial de leucemia. Isso provavelmente aconteceu quando um cromossomo quebrou quebrou e foi então colado em uma nova ordem.

“Estes primeiros resultados mostram que nosso método supera em grande parte os métodos existentes. Nosso método é muito mais rápido e menos caro que os métodos Atualmente usado para detectar variantes genéticas em células individuais. Isso pode ser muito útil para aplicações clínicas “, resume Tobias Marschall, a Universidade da Universidade de Saar e o Instituto Max Planck Computer. A equipe começou a expandir seu uso do método para analisar diferentes formas de leucemia e avaliar sua potencial utilidade clínica.

Como a heterogeneidade de uma amostra pode ser estudada na melhor das hipóteses no nível de uma única célula, Pesquisadores de todo o mundo – incluindo vários grupos no trabalho emblema em desenvolvimento de tecnologias para melhorar as informações recebidas. “Enquanto as técnicas existentes mostram como as células diferentes podem se comportar ou reagir à manipulação ou tratamento, a busca e a aplicação se concentraram até agora na medição do RNA em uma célula. No entanto, o DNA de medição em uma única célula chegou até agora menos atenção “, explica Tobias Marschall. À medida que a revisão de DNA deve entender melhor como essas mudanças genéticas levam a diferentes comportamentos celulares, o novo método atende às necessidades de pesquisadores e médicos.

O sctrip é baseado em uma tecnologia que Ashley Sanders co-desenvolvida durante seu doutorado em Vancouver. “O SCTRIP combina sinais de três canais de informação distintos do código genômico da célula individual”, diz Jan Korbel, líder do grupo no EMBL por Heidelberg. “Assim, nosso método nos permite detectar o espectro completo de rearranjos de DNA nas células individuais.”

hoje, usando o sctrip, os pesquisadores perseguem suas pesquisas sobre uma pergunta muito simples: até que ponto célula do corpo difere de outra célula, no caso do câncer, assim como em células normais? Até agora, eles não foram capazes de responder a essa pergunta porque não tiveram a tecnologia para fazer isso. “Graças ao sctrip, podemos agora medir diretamente os processos mutacionais que atuam nas células para gerar novas populações geneticamente distintas”, diz Ashley Sanders.Para os próximos estágios de sua pesquisa, a equipe planeja estudar processos mutacionais em diferentes tipos de células humanas e avaliar as conseqüências dessas diferenças em termos de doenças humanas.

Tags: câncer, diagnóstico, heidelberg, Korbel, press release

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