EMBL co-dezvoltă o nouă metodă care ar putea facilita diagnosticul de cancer

Acest articol este de asemenea disponibil în limba germană, spaniolă și franceză.

embl co-dezvoltă o nouă metodă care ar putea facilita diagnosticul de cancer

Artiști Depicarea unui Strand ADN care iese dintr-un nucleu celular. Credit: Tobias Wüstefeld / Embl

Cercetatorii condusi de BOML si Centrul de Bioinformatica la Universitatea Saarland din Saarbrücken au dezvoltat o metoda mai ieftin si mai rapida pentru a verifica genetica Diferențele în celulele individuale, care depășesc tehnicile existente în ceea ce privește informațiile primite. Această nouă metodă ar putea deveni un nou standard în cercetarea unică a celulelor și, eventual, pentru diagnosticul clinic în genetica bolii, inclusiv cancerul. Rezultatele au fost publicate în Nature Biotechnology.

„Noua noastră metodă de a studia variațiile genetice în celulele individuale ar putea transforma domeniul de detectare a mutației”, subliniază Ashley Sanders, unul dintre autori ai studiului, care lucrează la Embl Heidelberg. Metoda pe care ea și colegii săi s-au dezvoltat – numită SCTRIP (prelucrare tri-canal de celule) – le permite să studieze variațiile genetice în ADN-ul unei singure celule și să măsoare variațiile genetice direct pe măsură ce se formează în celule noi. În contrast la metodele existente care au reușit să detecteze numai modificările la scară largă în genomul, SCTRIP poate detecta modificări la scară mică, împreună cu multe tipuri de variații genetice care au fost invizibile folosind alte metode de celule unice.

Cercetătorii a testat metoda lor în studierea celulelor de leucemie derivate din pacient. În eșantionul lor, echipa a găsit de patru ori mai multe variante la pacient decât au fost detectate prin diagnosticare clinică standard. Acestea au inclus o ratată relevantă din punct de vedere clinic Ranslococația care a condus supraexprimarea unei gene provocatoare de cancer. De asemenea, au observat o rearanjare cromozomă catastrofică, care a fost ratată în diagnosticul inițial de leucemie. Probabil a apărut atunci când un singur cromozom este zdrobit și apoi a fost lipit înapoi într-o ordine rearanjată.

„Aceste rezultate arată că metoda noastră depășește semnificativ cele existente. Metoda noastră este mult mai rapidă și mai ieftină decât metodele în prezent Utilizați pentru a descoperi variantele genetice în celulele unice. Acest lucru ar putea fi foarte util pentru aplicațiile clinice „, rezumă Tobias Marschall, de la Centrul de Bioinformatică de la Universitatea Saarland și Institutul Max Planck pentru Informatică. Echipa a început să-și extindă utilizarea Metodă de analiză a diferitelor forme de leucemie și de a evalua utilitatea clinică potențială.

Deoarece eterogenitatea unui eșantion poate fi studiată cel mai bine la un nivel unic, cercetători din întreaga lume – inclusiv mai multe grupuri la BOML – lucrează la dezvoltarea tehnologiilor pentru îmbunătățirea informațiilor primite „. În timp ce tehnicile existente arată modul în care diferite celule se pot comporta sau pot răspunde la manipulare sau tratament, cercetare și AP Plicarea s-au concentrat până acum pe măsurarea ARN-ului într-o celulă. Cu toate acestea, măsurarea ADN-ului într-o singură celulă a primit până acum mult mai puțină atenție „, explică Tobias Marschall. Așa cum se preconizează că privirea la ADN va oferi un nou nivel de înțelegere în modul în care aceste schimbări genetice conduc diferite comportamente celulare, noua metodă abordează nevoile ambelor cercetători, cât și medicii.

SCTRIP se bazează pe O tehnologie Ashley Sanders co-dezvoltată în timpul doctoratului în Vancouver. „SCTRIP combină semnalele de la trei canale distincte de informații din cadrul Codului Genomic al celulei individuale”, explică Jan Korbel, lider de grup la Embl Heidelberg. „Astfel, metoda noastră ne permite să descoperim întregul spectru al rearanjărilor ADN în celulele individuale . „

Acum, folosind SCTRIP, cercetătorii își continuă cercetările pe o întrebare foarte fundamentală: cât de mult o celulă în organism diferă de orice altă celulă, în contextul cancerului, precum și în normal Celule? Până în prezent, nu au putut să abordeze această întrebare deoarece nu aveau tehnologia pentru a face acest lucru. „Folosind SCTRIP, acum putem măsura în mod direct procesele mutante care acționează în celule pentru a genera noi populații distincte genetic”, spune Ashley Sanders. Pentru următorii pași în cercetarea lor, echipa intenționează să studieze procesele muchioase în diferite tipuri de celule umane și la Evaluați consecințele pe care le au aceste diferențe în ceea ce privește bolile umane.

EMBL dezvoltă o nouă metodă care ar putea facilita diagnosticul de cancer – mai rapid, rentabil și detaliat

cercetători sub conducerea laboratorului european pentru biologia moleculară (EMBL) în Heidelberg și Centrul de bioinformatică al Universității din Saarland din Saarbrücken, Germania, au dezvoltat o metodă mai rentabilă și mai rapidă pentru a verifica diferențele genetice în celulele individuale care depășesc tehnicile existente referitoare la informațiile obținute. Această nouă metodă ar putea deveni un nou standard în cercetarea individuală a celulelor și, eventual, pentru diagnosticul clinic în genetica bolii, inclusiv cancerul. Rezultatele au fost publicate în natură biotehnologie.

„Noua noastră metodă de investigare a variațiilor genetice a celulelor individuale ar putea schimba câmpul de mutație”, accentuează Ashley Sanders, unul dintre principalii autori ai studiului care lucrează la Embl Heidelberg. Cu metoda – SCTRIP (procesare tri-canal de celule) dezvoltată de acesta și colegii ei – puteți examina variațiile genetice în ADN-ul unei singure celule și le puteți măsura direct în educație în celulele noi. Spre deosebire de Metodele anterioare pe care numai modificările mari ale genomului le-ar putea recunoaște, SCTRIP poate recunoaște schimbări mici și multe tipuri de variații genetice care nu sunt vizibile cu alte metode de celule unice.

Cercetătorii au testat metoda lor în studiul leucemiei Celulele care provin de la pacienți. În probele lor, echipa a găsit de patru ori mai multe variante la pacient decât în diagnosticarea standard clinică NAC au fost sugerate. Aceasta a inclus o lipsă de translocare clinic relevantă, care a provocat supraexprimarea unei gene carcinogene. Au continuat să observe depozitarea cromozomului catastrofal, care a fost trecută cu vederea la primul diagnostic de leucarie. Acest lucru sa întâmplat probabil ca un singur cromozom rupt și apoi lipit împreună în ordine inversă.

„Aceste rezultate arată că metoda noastră depășește semnificația existentă. Metoda noastră este mult mai rapidă și mai rentabilă decât metodele în prezent folosit pentru a descoperi variante genetice în celule individuale. Acest lucru ar putea fi foarte util pentru aplicațiile clinice „, Tobias Mareșal rezumă centrul de bioinformatică al Universității din Saarland și al Institutului Max Planck pentru informatică. Echipa a început să utilizeze metoda de analiză de diferite forme de leucemie pentru a extinde și evalua beneficiul clinic potențial.

Deoarece eterogenitatea unui eșantion poate fi investigată cel mai bine pe un singur nivel de celule, cercetători din întreaga lume – inclusiv mai multe grupuri pe Embl – au la dezvoltarea tehnologiilor pentru îmbunătățirea informațiilor primite. „În timp ce Tehnicile arată modul în care diferite celule se pot comporta sau pot răspunde la manipularea sau tratamentul, cercetarea și aplicarea sa concentrat până acum pe măsurarea ARN într-o celulă. Cu toate acestea, măsurarea ADN-ului într-o singură celulă a găsit anterior mai puțină atenție „, explică Tobias Marshal. Deoarece este de așteptat ca punctul de vedere al ADN-ului să ofere o nouă înțelegere a modului în care aceste modificări genetice afectează comportamentul celulelor, noua metodă se concentrează asupra nevoilor cercetătorilor și medicii.

SCTRIP bazat pe a Tehnologia Ashley Sanders a co-dezvoltat în timpul promovării în Vancouver. „SCTRIP combină semnalele de la trei canale diferite de informații în cadrul codului genomic al celulelor individuale”, explică Jan Korbel, manager de grup la Embl Heidelberg. „În acest fel putem folosi metoda noastră pentru a dezvălui întregul spectru al rearanjărilor ADN în persoană Celulele. „

cu SCTRIP, cercetătorii își continuă acum cercetările într-o întrebare foarte fundamentală: în ce măsură diferă în organism din organism din orice altă celulă, atât în legătură cu cancerul, cât și celulele normale? Până în prezent, nu au putut răspunde la această întrebare deoarece nu aveau tehnologia. „Cu SCTRIP, acum putem măsura direct procesele de mutație care rulează în celule pentru a produce noi populații diferite genetic”, spune Ashley Sanders. Pentru următorii pași de cercetare, echipa intenționează să investigheze procesele de mutație în diferite tipuri de celule umane și să evalueze efectele care au aceste diferențe asupra bolilor oamenilor.

EMBL dezvoltă o nouă metodă care ar putea facilita diagnosticul de cancer – mai rapid, economic și mai detaliat

cercetători la Laboratorul European de Biologie Moleculară (EMBL) din Heidelberg și Centrul de Bioinformatică de la Universitatea Saarland În Saarbrücken, Germania, au dezvoltat o metodă mai ieftină și ieftină pentru a verifica diferențele genetice în celulele individuale, ceea ce este mult mai eficient în tratamentul informațiilor primite decât tehnicile existente. Această nouă metodă ar putea deveni o nouă referință pentru cercetarea unicelulară, în special în ceea ce privește diagnosticul clinic în genetica bolii, inclusiv cancerul. Rezultatele au fost publicate în natură biotehnologie.

„Noua noastră metodă de studiere a variațiilor genetice a celulelor individuale ar putea transforma domeniul de detectare a mutațiilor”, spune Ashley Sanders, unul dintre principalii autori ai studiului și angajat a lui Embl Heidelberg, Germania. Ea și colegii ei au dezvoltat o metodă numită SCTRIP (o singură prelucrare a celulelor în trei canale), ceea ce le permite să studieze variațiile genetice din ADN-ul unei singure celule și să măsoare direct variațiile genetice, deoarece sunt formate în celule noi. Spre deosebire de metodele existente care pot detecta numai modificările la scară largă în genomul, SCTRIP poate detecta modificări la scară mică, în plus față de diferite tipuri de variații genetice care erau imposibil de detectat folosind alte metode unicelulare.

Cercetătorii au testat metoda lor de a studia celulele de la pacienții cu leucemie. În eșantionul său, echipa a găsit de patru ori mai multe variante la pacient decât cele detectate prin diagnosticele clinice standard. Acestea au arătat existența unei translocări clinice relevante care au trecut neobservate și care a condus la supraexprimarea unei gene care cauzează cancer. De asemenea, au observat o rearanjare catastrofică a cromozomilor, care nu a fost detectată în diagnosticul inițial al leucemiei și care probabil se datorează ruperii unui singur cromozom, care, atunci când a aderat din nou, a făcut-o într-o nouă ordine.

„Aceste rezultate arată că metoda noastră depășește semnificativ cele existente. Metoda noastră este mult mai rapidă și mai ieftină decât metodele care sunt utilizate în prezent pentru a descoperi variante genetice în celule individuale. Acest lucru ar putea fi foarte util pentru clinici de aplicații” spune Tobias Marschall, de la Centrul de Bioinformatică de la Universitatea din Saarland și Institutul Max Planck. Echipa a început să extindă utilizarea metodei de a analiza diferitele forme de leucemie și de a evalua potențialul lor de utilitate clinică.

Deoarece eterogenitatea unui eșantion poate fi studiată mai bine la un nivel unicelular, cercetători din jur Lumea, inclusiv mai multe grupuri din BOML, lucrează la dezvoltarea tehnologiilor pentru îmbunătățirea informațiilor primite. In timp ce tehnicile existente arata modul in care se pot comporta sau raspunde diferitele celule la manipulare sau tratament, atât cercetarea, cat si aplicatiile s-au axat pe masura ARN-ului unei celule. Cu toate acestea, măsurarea ADN într-o singură celulă pe care a primit-o mult mai puțină atenție „, explică Tobias Marschall. Deoarece observația ADN-ului este de așteptat să ofere un nou nivel de înțelegere a modului în care aceste modificări genetice provin diferitele comportamente celulare, noua metodă abordează nevoile ambelor cercetători și medici.

SCTRIP se bazează pe o tehnologie pe care Ashley Sanderele s-au dezvoltat în timpul doctoratului său în Vancouver. „SCTRIP combină semne de trei canale de informare diferite în cadrul codului genomic al celulei individuale”, explică Jan Korbel, liderul Grupului Bond Heidelberg. „Prin aceasta, metoda noastră ne permite să descoperim întregul spectru al rearanjărilor ADN în celule individuale.”

Acum, prin SCTRIP, cercetătorii își continuă cercetările, cerând următoarele: în situații cu pacienți cu cancer și Pacienții sănătoși, care este diferit de celelalte celule? Până în prezent, ei nu au putut răspunde la această întrebare deoarece nu aveau tehnologia pentru ao face. „Prin SCTRIP putem măsura în mod direct procesele mutante care acționează asupra celulelor pentru a genera noi populații distincte genetic”, spune Ashley Sanders. În următoarele etape ale cercetării sale, echipa intenționează să studieze procesele muchiale în diferite tipuri de celule umane și să evalueze consecințele că aceste diferențe au în ceea ce privește bolile umane.

EMBL co-elaborează o nouă metodă care ar putea facilita diagnosticul de cancer – mai rapid, mai puțin costisitor

cercetători ai laboratorului european de biologie moleculară (BOML) de la Heidelberg și Centrul de bioinformatică al Universității din Saarland din Saarbrücken, Germania, a dezvoltat o metodă mai puțin costisitoare și mai rapidă pentru a verifica diferențele genetice în celulele individuale, care depășește tehnicile existente în ceea ce privește informațiile primite. Această nouă metodă ar putea deveni un nou standard în cercetarea unică a celulelor și, eventual, pentru diagnosticarea clinică la genetica bolilor, inclusiv a cancerului. Rezultatele au fost publicate în natură biotehnologie.

„Noua noastră metodă de studiere a variațiilor genetice a celulelor individuale ar putea transforma domeniul detectării mutațiilor”, spune Ashley Sanders, unul dintre principalii autori ai studiului, care lucrează La BOML de Heidelberg, Germania. Metoda și colegii s-au dezvoltat, numită SCTRIP (tratament tri-canal cu un singur celule), le permite să studieze variațiile genetice în ADN-ul unic de celule și să măsoare direct variațiile genetice atunci când „sunt formate în celule noi. Spre deosebire de metodele existente care nu au detectat numai modificări la scară largă în genom, SCTRIP poate detecta modificări la scară mică, precum și multe tipuri de variații genetice care au fost invizibile folosind alte metode de celule unice.

Cercetătorii testați metoda lor prin studierea celulelor leucemice derivate de la pacienți. În eșantionul lor, echipa a găsit patru ori mai multe variante la pacient decât ceea ce fusese detectat de diagnosticarea clinică standard. Aceasta include o translocație relevantă din punct de vedere clinic, care a condus la supraexprimarea unei gene carcinogene. De asemenea, au observat o rearanjare cromozomală catastrofică care nu a fost detectată în timpul diagnosticului inițial al leucemiei. Acest lucru sa întâmplat, probabil, când a izbucnit un cromozom și a fost apoi lipit într-o nouă ordine.

„Aceste rezultate arată că metoda noastră depășește în mare măsură metodele existente. Metoda noastră este mult mai rapidă și mai puțin costisitoare decât metodele utilizate în prezent pentru a detecta variantele genetice în celulele individuale. Acest lucru ar putea fi foarte util pentru aplicațiile clinice „, rezumă Tobias Marschall, Universitatea din Saar și Institutul Max Planck Computer. Echipa a început să-și extindă utilizarea metodei de a analiza diferitele forme de leucemie și de a evalua potențialul său utilitate clinică.

deoarece eterogenitatea unei probe poate fi studiată la cel mai bun caz la nivelul unei singure celule, Cercetătorii din întreaga lume – inclusiv mai multe grupuri la EMBL – lucrul la dezvoltarea tehnologiilor pentru îmbunătățirea informațiilor primite. „În timp ce tehnicile existente arată modul în care se pot comporta sau reacționa celulele diferite la manipulare sau tratament, căutarea și aplicația s-au concentrat până acum pe măsurarea ARN într-o celulă. Cu toate acestea, ADN-ul de măsurare într-o singură celulă a primit până acum mai puțină atenție „, explică Tobias Marschall. Deoarece este de așteptat ca revizuirea ADN-ului să înțeleagă mai bine modul în care aceste schimbări genetice conduc la diferite comportamente celulare, noua metodă îndeplinește nevoile cercetătorilor și medicii.

SCTRIP se bazează pe o tehnologie pe care Ashley Sanders le-a co-dezvoltat În timpul doctoratului său din Vancouver. „SCTRIP combină semnalele de la trei canale distincte de informații din Codul genomic al celulei individuale”, spune Jan Korbel, lider de grup la BOML de Heidelberg. „Astfel, metoda noastră ne permite să detectăm spectrul complet al rearanjărilor ADN în celulele individuale.”

Astăzi, folosind SCTRIP, cercetătorii își urmăresc cercetarea pe o întrebare foarte simplă: în ce măsură are Celula corpului diferă de o altă celulă, în cazul cancerului la fel ca în celulele normale? Până în prezent, ei nu au reușit să răspundă la această întrebare deoarece nu aveau tehnologia să o facă. „Datorită SCTRIP-ului, acum putem măsura în mod direct procesele mutante care acționează în celule pentru a genera noi populații distincte genetic”, spune Ashley Sanders.Pentru următoarele etape ale cercetării sale, echipa intenționează să studieze procesele mutante în diferite tipuri de celule umane și să evalueze consecințele acestor diferențe în ceea ce privește bolile umane.

Tag-uri: cancer, diagnostic, Heidelberg, Korbel, comunicat de presă

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile obligatorii sunt marcate cu *